PAL2NAL output

#------------------------------------------------------------------------#
#  WARNING: BTUB_ECOLI pepAlnPos 2: M does not correspond to atg
#  WARNING: BTUB_ECOLI pepAlnPos 167: A does not correspond to gga
#  WARNING: BTUB_ECOLI pepAlnPos 387: A does not correspond to aga
#------------------------------------------------------------------------#

              M   T   I   K   K   Y   T   L   L   T   A   L   S   V   T   A   F   S   G   W
BTUB_YERPE    atg aca att aaa aaa tat acg ctg ctc aca gcc ctt tct gtg acg gca ttt tct ggc tgg
              -   M   I   K   K   A   S   L   L   T   A   C   S   V   T   A   F   S   A   W
BTUB_ECOLI    --- atg att aaa aaa gct tcc ctg ctg acg gcg tgt tcc gtc acg gca ttt tcc gct tgg

              A   Q   G   N   N   T   T   D   N   N   D   E   M   V   V   T   A   N   R   F
BTUB_YERPE    gcg cag ggt aat aac acc acg gac aac aat gat gaa atg gtt gta aca gcc aac cgt ttt
              A   Q   D   T   S   P   -   -   -   -   D   T   L   V   V   T   A   N   R   F
BTUB_ECOLI    gca cag gat acc agc ccg --- --- --- --- gat act ctc gtc gtt act gct aac cgt ttt

              P   Q   P   K   S   S   V   L   A   P   V   D   V   V   T   R   A   D   I   D
BTUB_YERPE    cca caa ccg aaa agt agt gta tta gcg cct gtc gat gta gtc act cgt gcc gat att gat
              E   Q   P   R   S   T   V   L   A   P   T   T   V   V   T   R   Q   D   I   D
BTUB_ECOLI    gaa cag ccg cgc agc act gtg ctt gca cca acc acc gtt gtg acc cgt cag gat atc gac

              R   W   Q   S   T   N   I   N   D   V   L   R   R   L   P   G   V   D   I   A
BTUB_YERPE    cgc tgg caa tct aca aat ata aat gat gtc tta cgc cgc tta ccg ggt gtt gat att gct
              R   W   Q   S   T   S   V   N   D   V   L   R   R   L   P   G   V   D   I   T
BTUB_ECOLI    cgc tgg cag tcg acc tcg gtc aat gat gtg ctg cgc cgt ctt ccg ggc gtc gat atc acc

              Q   D   G   G   M   G   Q   R   S   S   L   F   I   R   G   T   N   S   S   H
BTUB_YERPE    cag gat ggc ggt atg ggc cag cgc agt tct tta ttt atc cgg ggc act aat tct agc cat
              Q   N   G   G   S   G   Q   L   S   S   I   F   I   R   G   T   N   A   S   H
BTUB_ECOLI    caa aac ggc ggt tca ggt cag ctc tca tct att ttt att cgc ggt aca aat gcc agt cat

              V   L   V   L   I   D   G   V   R   L   N   Q   A   G   I   T   G   A   S   D
BTUB_YERPE    gtc ttg gtt ctg atc gat ggc gtc cgc ctc aat caa gcg ggg att acc ggc gca tca gat
              V   L   V   L   I   D   G   V   R   L   N   L   A   G   V   S   G   S   A   D
BTUB_ECOLI    gtg ttg gtg tta att gat ggc gta cgc ctg aat ctg gcg ggg gtg agt ggt tct gcc gac

              L   S   Q   I   P   I   S   L   V   Q   R   I   E   Y   I   R   G   P   R   S
BTUB_YERPE    ctc agt caa atc cct att tca ttg gta cag cgc atc gaa tac att cgt ggt cca cgt tct
              L   S   Q   F   P   I   A   L   V   Q   R   V   E   Y   I   R   G   P   R   S
BTUB_ECOLI    ctt agc cag ttc cct att gcg ctt gtc cag cgt gtt gaa tat atc cgt ggg ccg cgc tcc

              A   V   Y   G   S   D   A   I   G   G   V   I   N   I   L   T   G   R   D   K
BTUB_YERPE    gcc gtc tat ggt tca gat gcc att gga ggg gtg att aat atc ctg act gga cgg gat aaa
              A   V   Y   G   S   D   A   I   G   G   V   V   N   I   I   T   T   R   D   E
BTUB_ECOLI    gct gtt tat ggt tcc gat gca ata ggc ggg gtg gtg aat atc atc acg acg cgc gat gaa

              P   G   T   T   L   S   A   G   L   G   S   N   G   Y   Q   T   Y   D   G   S
BTUB_YERPE    cca gga acc aca ctt tct gct ggg ttg ggt tca aac ggt tat caa acc tat gat ggt tcc
              P   G   T   E   I   S   A   G   W   G   S   N   S   Y   Q   N   Y   D   V   S
BTUB_ECOLI    ccc gga acg gaa att tca gga ggg tgg gga agc aat agt tat cag aac tat gat gtc tct

              T   Q   Q   K   L   G   E   D   T   T   V   T   L   A   G   N   Y   T   Y   S
BTUB_YERPE    act caa cag aaa ctg ggt gaa gac acg acg gtg aca ttg gcg gga aat tac act tat agc
              T   Q   Q   Q   L   G   D   K   T   R   V   T   L   L   G   D   Y   A   H   T
BTUB_ECOLI    acg cag caa caa ctg ggg gat aag aca cgg gta acg ctg ttg ggc gat tat gcc cat act

              K   G   Y   D   V   V   A   G   M   P   G   A   G   G   P   R   Q   P   D   R
BTUB_YERPE    aaa ggg tat gat gtg gtt gct ggt atg ccg gga gca ggt gga cca cgt cag cct gac cgg
              H   G   Y   D   V   V   A   -   Y   G   N   T   G   T   Q   A   Q   T   D   N
BTUB_ECOLI    cat ggt tat gat gtt gtt gcc --- tat ggt aat acc gga acg caa gcg cag aca gat aac

              D   G   F   M   G   K   M   L   W   A   G   L   E   H   Q   F   N   E   Q   F
BTUB_YERPE    gat ggt ttc atg ggg aaa atg ctg tgg gcg ggc tta gaa cat cag ttt aac gag cag ttt
              D   G   F   L   S   K   T   L   Y   G   A   L   E   H   N   F   T   D   A   W
BTUB_ECOLI    gat ggt ttt tta agt aaa acg ctt tat ggc gcg ctg gag cat aac ttt act gat gcc tgg

              N   G   F   A   R   V   Y   G   F   D   N   R   S   D   Y   D   G   Y   T   N
BTUB_YERPE    aat ggt ttt gcc cga gta tat ggt ttc gat aac cgc agt gat tat gac ggg tat acc aac
              S   G   F   V   R   G   Y   G   Y   D   N   R   T   N   Y   D   A   Y   -   -
BTUB_ECOLI    agc ggc ttt gtg cgc ggc tat ggc tat gat aac cgt acc aat tat gac gcg tat --- ---

              Y   S   N   P   L   A   L   I   D   T   R   K   L   S   S   R   T   Y   D   T
BTUB_YERPE    tat agc aat cca ttg gcg tta atc gat acc cgt aaa ctc tcc agc cgt acc tat gac acg
              Y   S   P   G   S   P   L   L   D   T   R   K   L   Y   S   Q   S   W   D   A
BTUB_ECOLI    tat tct ccc ggt tca ccg ttg ctc gat acc cgt aaa ctc tat agc caa agt tgg gac gcc

              G   L   R   Y   K   N   G   I   Y   A   S   Q   F   I   A   S   Y   N   R   T
BTUB_YERPE    gga cta cgc tac aag aat ggc att tat gct tcc caa ttt att gcc agt tat aac cga act
              G   L   R   Y   N   G   E   L   I   K   S   Q   L   I   T   S   Y   S   H   S
BTUB_ECOLI    ggg ctg cgc tat aac ggc gaa ctg att aaa tca caa ctc att acc agc tat agc cat agc

              K   D   Y   N   Y   S   P   L   F   G   Q   H   D   I   T   A   S   L   D   E
BTUB_YERPE    aaa gat tat aat tac agc cca ctt ttc ggc cag cat gat att acg gcc tcg tta gat gaa
              K   D   Y   N   Y   D   P   H   Y   G   R   Y   D   S   S   A   T   L   D   E
BTUB_ECOLI    aaa gat tac aac tac gat ccc cat tat ggt cgt tat gat tcg tcg gcg acg ctc gat gag

              A   E   Q   Y   N   L   Q   W   G   N   T   F   Q   L   T   N   G   M   I   S
BTUB_YERPE    gct gag caa tat aac ttg caa tgg ggt aac acc ttc cag tta acg aat ggc atg atc agt
              M   K   Q   Y   T   V   Q   W   A   N   N   V   I   V   G   H   G   S   I   G
BTUB_ECOLI    atg aag caa tac acc gtc cag tgg gca aac aat gtc atc gtt ggt cac ggt agt att ggt

              A   G   A   D   W   Q   E   Q   R   T   E   R   K   S   S   N   Q   N   T   T
BTUB_YERPE    gcg ggt gcg gat tgg caa gag caa aga acc gaa cgt aaa agc agt aac cag aat act acg
              A   G   V   D   W   Q   K   Q   T   T   -   -   T   P   G   T   G   Y   V   E
BTUB_ECOLI    gcg ggt gtc gac tgg cag aaa cag act acg --- --- acg ccg ggt aca ggt tat gtt gag

              A   D   F   T   Q   H   N   T   G   I   Y   L   T   G   Q   Q   Q   I   S   D
BTUB_YERPE    gcc gat ttt acg cag cac aac acg ggc atc tat ttg aca ggc caa cag caa atc agc gac
              D   G   Y   D   Q   R   N   T   G   I   Y   L   T   G   L   Q   Q   V   G   D
BTUB_ECOLI    gat gga tat gat caa cgt aat acc ggc atc tat ctg acc ggg ctg caa caa gtc ggc gat

              V   T   L   E   G   A   V   R   S   D   D   N   S   Q   F   G   W   H   S   T
BTUB_YERPE    gtt aca tta gag ggg gct gta cgc agt gac gat aac tcg cag ttt ggg tgg cac tca act
              F   T   F   E   G   A   A   R   S   D   D   N   S   Q   F   G   R   H   G   T
BTUB_ECOLI    ttt acc ttt gaa ggc gcc aga cgc agt gac gat aac tca cag ttt ggt cgt cat gga acc

              W   Q   T   S   A   G   W   E   F   I   D   G   Y   R   L   I   G   S   Y   G
BTUB_YERPE    tgg cag acc agc gcc ggt tgg gaa ttt att gat ggc tac cgc ttg att ggt tct tac ggc
              W   Q   T   S   A   G   W   E   F   I   E   G   Y   R   F   I   A   S   Y   G
BTUB_ECOLI    tgg caa acc agc gcc ggt tgg gaa ttc atc gaa ggt tat cgc ttc att gct tcc tac ggg

              T   A   Y   K   A   P   N   L   M   Q   L   Y   S   A   Y   G   G   N   A   N
BTUB_YERPE    aca gcc tat aag gca cct aat ctg atg cag ctt tat agc gct tac ggt ggt aat gcc aat
              T   S   Y   K   A   P   N   L   G   Q   L   Y   G   F   Y   -   G   N   P   N
BTUB_ECOLI    aca tct tat aag gca cca aat ctg ggg caa ctg tat ggc ttc tac --- gga aat ccg aat

              L   K   P   E   E   S   K   Q   W   E   G   G   V   E   G   L   T   G   P   L
BTUB_YERPE    ctg aaa ccg gaa gaa agt aag caa tgg gaa ggt ggc gtc gaa gga tta acg ggg ccg ctg
              L   D   P   E   K   S   K   Q   W   E   G   A   F   E   G   L   T   A   G   V
BTUB_ECOLI    ctg gac ccg gag aaa agc aaa cag tgg gaa ggc gcg ttt gaa ggc tta acc gct ggg gtg

              T   W   R   L   S   A   Y   R   N   D   I   D   Q   L   I   D   Y   S   N   L
BTUB_YERPE    act tgg cgt cta tct gct tat cgt aac gat att gat cag ctt atc gat tac agc aat ctg
              N   W   R   I   S   G   Y   R   N   D   V   S   D   L   I   D   Y   D   D   H
BTUB_ECOLI    aac tgg cgt att tcc gga tat cgt aac gat gtc agt gac ttg atc gat tat gat gat cac

              T   N   G   Y   F   N   I   N   K   A   T   I   K   G   V   E   W   T   G   S
BTUB_YERPE    acc aac ggt tat ttc aat atc aat aaa gcc acg att aaa ggt gtt gaa tgg aca ggt tcg
              T   L   K   Y   Y   N   E   G   K   A   R   I   K   G   V   E   A   T   A   N
BTUB_ECOLI    acc ctg aaa tat tac aac gaa ggg aaa gcg cgg att aag ggc gtc gag gcg acc gcc aat

              F   D   T   G   P   L   S   H   Q   V   T   L   E   Y   L   D   P   R   N   A
BTUB_YERPE    ttt gat act ggg ccg tta tca cat caa gtg acg ctg gaa tat ctg gac cca cgt aat gca
              F   D   T   G   P   L   T   H   T   V   S   Y   D   Y   V   D   A   R   N   A
BTUB_ECOLI    ttt gat acc gga cca ctg acg cat act gtg agt tat gat tat gtc gat gcg cgc aat gcg

              D   T   H   E   I   L   V   R   R   A   K   Q   Q   V   K   Y   Q   L   D   W
BTUB_YERPE    gat acc cac gaa att ctg gtg cgc cga gcc aag caa caa gta aaa tat cag ttg gat tgg
              I   T   D   T   P   L   L   R   R   A   K   Q   Q   V   K   Y   Q   L   D   W
BTUB_ECOLI    att acc gac acg ccg ttg tta cgc cgt gct aaa cag cag gtg aaa tac cag ctc gac tgg

              Q   V   A   D   L   D   W   S   V   T   Y   Q   Y   L   G   Q   R   Y   D   K
BTUB_YERPE    cag gta gct gat ttg gat tgg tct gtt acc tac caa tat ctt ggt cag cgt tat gac aaa
              Q   L   Y   D   F   D   W   G   I   T   Y   Q   Y   L   G   T   R   Y   D   K
BTUB_ECOLI    cag ttg tat gac ttc gac tgg ggt att act tat cag tat tta ggc act cgc tat gat aag

              D   Y   S   T   Y   P   E   E   T   V   E   L   G   G   V   S   L   W   D   L
BTUB_YERPE    gac tac agc act tat cca gaa gaa acg gtt gaa ctc ggt ggt gtg agc ctt tgg gat ctc
              D   Y   S   S   Y   P   Y   Q   T   V   K   M   G   G   V   S   L   W   D   L
BTUB_ECOLI    gat tac tca tct tat cct tat caa acc gtt aaa atg ggc ggt gtg agc ttg tgg gat ctt

              A   V   S   Y   P   V   T   S   H   L   T   V   R   G   R   I   A   N   L   F
BTUB_YERPE    gct gtt tcg tat ccg gtc aca tct cat ctc acg gtt cgt ggt aga att gcc aac ctg ttt
              A   V   A   Y   P   V   T   S   H   L   T   V   R   G   K   I   A   N   L   F
BTUB_ECOLI    gcg gtt gcg tat ccg gtc acc tct cac ctg aca gtt cgt ggt aaa ata gcc aac ctg ttc

              D   K   D   Y   E   M   V   Y   G   Y   Q   T   P   G   R   E   Y   Y   F   T
BTUB_YERPE    gat aaa gat tat gag atg gtt tat ggc tac caa acc cca gga cgc gaa tac tac ttc acg
              D   K   D   Y   E   T   V   Y   G   Y   Q   T   A   G   R   E   Y   T   L   S
BTUB_ECOLI    gac aaa gat tat gag aca gtc tat ggc tac caa act gca gga cgg gaa tac acc ttg tct

              G   S   Y   N   F
BTUB_YERPE    gga agc tat aac ttc
              G   S   Y   T   F
BTUB_ECOLI    ggc agc tac acc ttc