Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку BTUB_ECOLI

Описание блока:
- Идентификатор — IPB010916A;
- Количество последовательностей — 46;
- Ширина — 15;
Расположение в базе данных BLOCKS;

*

B F R D _ B O R P E : T P R N Q D F T E V Q A G I G : 1 5

B T U B _ E C O L I : T T R D E P G T E I S A G W G : 1 5

B T U B _ S A L T Y : T T R D N P G T E L T A G W G : 1 5

C I R A _ E C O L I : A W T P N Q N H D F T A G Y G : 1 5

F A T A _ V I B A N : N Y T E G L T N G K T A G S G : 1 5

F C U A _ Y E R E N : V V K N D A S V Q N V R G Y G : 1 5

F E C A _ E C O L I : S L G N M D A I D V V R G G G : 1 5

F H U E _ E C O L I : V E V V R G A T G L M T G T G : 1 5

F P T A _ P S E A E : T Y R A F G S L E Q Q L G G G : 1 5

F P V A _ P S E A E : T V G A D Y Q D N D P K G S G : 1 5

F Y U A _ Y E R E N : D L T W H L T D R F D I G G G : 1 5

F Y U A _ Y E R P E : D L T W H L T D R F D I G G G : 1 5

H E M R _ Y E R E N : S G R V N G Q D V T L R G Y G : 1 5

H G B A _ H A E D U : T I S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G B A _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G B B _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G B C _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P 1 _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P 2 _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P 3 _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P 4 _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P A _ H A E I N : T I S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P B _ H A E I N : T L S T Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H G P C _ H A E I N : T L S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H H U A _ H A E I N : T I S S Q G F K E L F E G Y G : 1 5

H M U R _ Y E R P E : S G R T N G Q D V V M R G Y G : 1 5

H P U B _ N E I M A : V T I T K G A D S L K S G S G : 1 5

H P U B _ N E I M C : V T I T K G A D S L K S G S G : 1 5

H X C 1 _ H A E I N : V T V D K G N Y S P Q Y G N G : 1 5

H X C 2 _ H A E I N : S G F Y N N A D N L R T G K G : 1 5

I R G A _ V I B C H : T G G G D T T D I S I R G M G : 1 5

I U T A _ E C O L I : S V A Y Q K F G G W F D G N G : 1 5

L B P A _ N E I M A : T R Y D P G V A V V E Q G N G : 1 5

L B P A _ N E I M B : T R Y D P G V A V V E Q G N G : 1 5

P B U A _ P S E U 4 : V E V L R G A A G M M K G A G : 1 5

P U P A _ P S E P U : N V N S A G L G E T T E G T G : 1 5

P U P B _ P S E P U : T D E S N K P L D P M E G V G : 1 5

R H T A _ R H I M E : S I A G N R T G A F Y D G S G : 1 5

T B 1 1 _ N E I M B : T R Y D P G I A V V E Q G R G : 1 5

T B 1 2 _ N E I M B : T R Y D P G I A V V E Q G R G : 1 5

T B P 1 _ H A E I N : T R Y D P G I S V V E Q G R G : 1 5

T B P 1 _ N E I G O : T R Y D P G I A V V E Q G R G : 1 5

Y 2 6 2 _ H A E I N : S G F Y N N A D N L R T G K G : 1 5

Y B I L _ E C O L I : T E Y D S A T A C G G S G R G : 1 5

Y C 1 7 _ H A E I N : S G V V S V N I R G E N G L G : 1 5

Y N C D _ E C O L I : S W R Y G L K A T G A T G D G : 1 5

G G

Столбцы, содержащие аминокислоты высокой консервативности (80%), выделены красным цветом. Аминокислоты, консервативностью более 40%, находятся в столбцах розового цвета.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB010916A из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
ALA–ALA	48	0,0034	0,0478	0,0478	1
ALA–GLY	113	0,0079	0,0478	0,2173	-3
ALA–LEU	40	0,0028	0,0478	0,0563	-2

В данной таблице:

n_αβ — число совпадений каждой пары аминокислот в выборке блоков, родственных с BTUB_ECOLI, белков.

P_αβ — отношение n_αβ к общему количеству всевозможных пар аминокислот.

q_α и q_β — частота встречаемости первой и второй аминокислот, соответственно.

s_αβ— вес указанной аминокислотной замены.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
ALA–ALA	5158143	0,0225	0,0846	0,0846	3
ALA–GLY	2140915	0,0093	0,0846	0,0708	-1
ALA–LEU	2506589	0,0109	0,0846	0,0905	-1

В данной таблице:

n_αβ — число совпадений каждой пары аминокислот в выборке 200 блоков белков из БД BLOCKS.

P_αβ — отношение n_αβ к общему количеству всевозможных пар аминокислот.

q_α и q_β — частота встречаемости первой и второй аминокислот, соответственно.

s_αβ— вес указанной аминокислотной замены.

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот	Блок IPB010916A	200 блоков	BLOSUM62
ALA–ALA	1	3	4
ALA–GLY	-3	-1	0
ALA–LEU	-2	-1	-1

По результатам вычислений, значения весов для выборки из 200 блоков и BLOSUM62 сходны, тогда как для блока IPB010916A соотносимы лишь знаки значений. Это произошло в результате малой величины блока IPB010916A, а следовательно велика вероятность статистической погрешности.

В обоих случаях замены мы наблюдаем отрицательное значение, не смотря на сходство в строении аминокислот.
При замене аланина на глицин значение веса вполне понятно, поскольку глицин является "безрадикальной" аминокислотой, и замена на него может иметь подобный вес.
Когда происходит замена аланина на лейцин, мы также наблюдаем отрицательное значение веса, однако меньшее, чем в предыдущем случае, так как обе аминокислоты имеют сходные свойства.
© Борщёв Иван, 2005