Varyaaas
  • Главная
  • Обо мне
  • Семестры
    • 1 семестр (I курс)
    • 2 семестр (I курс)
    • 3 семестр (II курс)
    • 4 семестр (II курс)
  • ФББ МГУ

Выравнивание последовательностей

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating* 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1718.0 70.0% 83.4% 3 3
Chemotaxis protein CheW CHEW_ECOLI CHEW_BACSU 197.5 26.1% 46.7% 37 5
S-ribosylhomocysteine lyase LUXS_ECOLI LUXS_BACSU 273.0 35.1% 52.9% 20 5

*6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating (для сенной палочки)

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating(*) 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1719.0 70.1% 83.6% 3 3 99.8% 99.8%
Chemotaxis protein CheW CHEW_ECOLI CHEW_BACSU 199.5 28.6% 51.6% 24 3 91.6% 92.9%
S-ribosylhomocysteine lyase LUXS_ECOLI LUXS_BACSU 280.0 37.5% 55.6% 9 3 93.0% 96.8%
3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Проведем выравнивание негомологичных белков MAK_ECOLI (Fructokinase) и STET_BACSU (Serine/threonine exchanger SteT)

Таблица 3. Характеристики выравниваний негомологичных белков
Alignment Type ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Global MAK_ECOLI STET_BACSU 27.5 9.6% 15.8% 364 23 - -
Local MAK_ECOLI STET_BACSU 50.5 25.0% 35.6 26 5 30.8% 20.3%

Можно заметить, что при глобальном выравнивании негомологичных белков показатели идентичности и схожести гораздо ниже. Локальное выравнивание в данном случае показывает неправильные результаты, так как между собой сравниваются лишь части белка.

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания я выбрала 6PGD (6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating), всего белков с такой мнемоникой нашлось 55. Из них я решила выбрать следующие белки:

  1. 6PGD_RAT Rattus norvegicus (Rat)
  2. 6PGD_CAEEL Caenorhabditis elegans
  3. 6PGD_HUMAN Homo sapiens (Human)
  4. 6PGD_DROME Drosophila melanogaster (Fruit fly)
  5. 6PGD_CANAX Candida albicans (Yeast)

Скачать выравнивание можно ссылке. Данные белки выровнялись хорошо, несмотря на то, что они принадлежат организмам из разнообразных таксономических групп. Можно заметить несколько консервативных участков белка: 152-160; 208-223; 472-482. Как и следовало ожидать, последовательность белка человека и мыши почти полностью идентичны.