Задание 1
Я хотела взять какое-нибудь растение, поэтому вбила в поиск на сайте NCBI Viridiplantae (green plants) и поставила фильтр Chromosome+, Reference. В результате было найдено большое количество сборок, однако мое внимание привлек организм под названием Ziziphus jujuba. Название прикольное :)
На русском это Ююба китайская, или Китайский финик. Растение зизифус – субтропическая, косточковая, плодовая порода. Родина – Афганистан и Китай (северо-восточные провинции), где он культивируется более четырех тысяч лет. Плоды и их семена используются в традиционной китайской и корейской медицине [1], где считается, что они снимают стресс, а также для противогрибковых, антибактериальных, противоязвенных, противовоспалительных целей и седативного действия.
Поиск: Viridiplantae(green plants), фильтры Annotated и chromosome +, было найдено 254 генома.
Уровень сборки: Chromosome (Есть последовательность одной или нескольких хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без гэпов или хромосома, содержащая скэффолды или контиги с гэпами между ними. Там также могут быть непомещенные или нелокализованные скэффолды.)
Сборка является
референсной (отобранная вручную качественная сборка генома, которую NCBI определили в качестве стандарта, с которым сравниваются другие данные.)