Varyaaas
  • Главная
  • Обо мне
  • Семестры
      1 семестр (I курс) 2 семестр (I курс) 3 семестр (II курс)
  • ФББ МГУ

Нуклеотидные банки данных

Задание 1

Я хотела взять какое-нибудь растение, поэтому вбила в поиск на сайте NCBI Viridiplantae (green plants) и поставила фильтр Chromosome+, Reference. В результате было найдено большое количество сборок, однако мое внимание привлек организм под названием Ziziphus jujuba. Название прикольное :)

На русском это Ююба китайская, или Китайский финик. Растение зизифус – субтропическая, косточковая, плодовая порода. Родина – Афганистан и Китай (северо-восточные провинции), где он культивируется более четырех тысяч лет. Плоды и их семена используются в традиционной китайской и корейской медицине [1], где считается, что они снимают стресс, а также для противогрибковых, антибактериальных, противоязвенных, противовоспалительных целей и седативного действия.

Поиск: Viridiplantae(green plants), фильтры Annotated и chromosome +, было найдено 254 генома.

Уровень сборки: Chromosome (Есть последовательность одной или нескольких хромосом. Это может быть полностью секвенированная хромосома без гэпов или хромосома, содержащая скэффолды или контиги с гэпами между ними. Там также могут быть непомещенные или нелокализованные скэффолды.)

Сборка является референсной (отобранная вручную качественная сборка генома, которую NCBI определили в качестве стандарта, с которым сравниваются другие данные.)

Рис. 1. Ziziphus jujuba или Ююба китайская

Задание 2

Таблица 1. Характеристики выбранной сборки

Идентификатор GenBank GenBank GCA_020796205.1
Идентификатор RefSeq RefSeq GCF_020796205.1
Общий размер генома 405.6 Mb
N50 для контигов 2.2 Mb
L50 для контигов 53
N50 для скэффолдов 30.3 Mb
L50 для скэффолдов 6

N50: Длина контига/скэффолда, для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в контигах/скэффолдах такой и большей длины

L50: Число контигов/скэффолдов (наименьшее), в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки

Задание 3

Из GenBank я скачала: нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA), последовательности белков (в формате FASTA) и последовательности генома с аннотацией (GBFF).

Литература

1. Sobhani Zahra , Nikoofal-Sahlabadi Sara , Amiri S. Mohammad , Ramezani Mahin , Emami A. Seyed *, Sahebkar Amirhossein *, Therapeutic Effects of Ziziphus jujuba Mill. Fruit in Traditional and Modern Medicine: A Review, Medicinal Chemistry 2020; 16(8) . https://dx.doi.org/10.2174/1573406415666191031143553

2. Изображения https://ru.wikipedia.org/wiki/Зизифус_настоящий