В этом практикуме мы должны были составить филогенетическое "поддерево" из большого дерева, выбрав от туда любые 7-8 видов.
Отобранные бактерии
| Название |
Мнемоника |
NCBI Taxonomy |
| Clavibacter michiganensis |
CLAMS |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter |
| Corynebacterium diphtheriae |
CORDI |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium |
| Corynebacterium efficiens |
COREF |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium |
| Leifsonia xyli |
LEIXX |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia |
| Nocardioides sp. |
NOCSJ |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides; unclassified Nocardioides |
| Rhodococcus jostii |
RHOJR |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus |
| Rubrobacter xylanophilus |
RUBXD |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter |
| Streptomyces avermitilis |
STRAW |
Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces |
Скобочная формула дерева
Стандартный формат представления деревьев в скобочном виде newick позволяет отразить, какие виды находятся в какой кладе по отношению друг к другу.
В нашем случае дерево выбранных видов можно записать следующим образом:
(RUBXD,((RHOJR,(CORDI,COREF)),((CLAMS,LEIXX),(NOCSJ,STRAW))));
Изображение дерева
Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных видов бактерий
Ветви дерева
Cписок нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев:
{CORDI, COREF} против {RHOJR, RUBXD, CLAMS, LEIXX, NOCSJ, STRAW} - соответствует кладе Corynebacterium
{CORDI, COREF, RHOJR} против {RUBXD, CLAMS, LEIXX, NOCSJ, STRAW} - соответствует кладе Mycobacteriales
{CLAMS, LEIXX} против {RHOJR, RUBXD, CORDI, COREF, NOCSJ, STRAW} - соответствует кладе Microbacteriaceae
{NOCSJ, STRAW} против {RHOJR, RUBXD, CORDI, COREF, CLAMS, LEIXX}
{CLAMS, LEIXX, NOCSJ, STRAW} против {RHOJR, RUBXD, CORDI, COREF}