Рис. 1 LOGO-1. E-value = 1.1e+000.
Запуск MEME
Далее был использован локальный MEME:
meme housekeeping.fasta -dna -nmotifs 3 -minw 6
Все три мотива достаточно ненадежные (с высоким e-value). Первый мотив с наименьшим e-value - просто GC-богатый участок (вряд ли эта находка несёт какой-либо смысл). Далее я решила работать с мотивом 3, так как он имеет какой-то смысл, хотя e-value высокий.
Рис. 2 LOGO-2. E-value = 3.4e+001.
Рис. 3 LOGO-3. E-value = 1.7e+001.
Поиск сигнала в материале для тестирования с помощью FIMO
Для поиска второго найденного мотива в положительном и отрицательном контроле были запущены следующие команды:
fimo --norc -motif AMAAAAAYGRMGAYTDSYAMHATWCMSAVWRCYRCSNCGNSCNANTCK -thresh 0.001 ./files/meme_out/meme.txt ./files/promotors.fasta
fimo --norc -motif AMAAAAAYGRMGAYTDSYAMHATWCMSAVWRCYRCSNCGNSCNANTCK -thresh 0.001 ./files/meme_out/meme.txt ./files/negative.fasta
Получены следующие таблицы: positive и negative. Этот мотив был найден в 330 промоторах среди всех и в 21 находке в негативном контроле.