Ралдугина Василиса

Студентка Факультета биоинженерии и биоинформатики

МГУ имени М.В. Ломоносова

Обо мне

Главная

Сайт ФББ МГУ

Множественное выравнивание

Сравнение программ для выполнения множественного выравнивания

В данной работе с помощью к последовательности белка селеноцистеин-специфический фактор элонгации трансляции были подобраны четыре последовательности, из которых были построены множественные выравнивания. В таблице представлена информация об анализируемых белках, гомологичных ANU26136.1.

Таблица 1. Характеристики находок BLAST.
ID/AC (UniProt) Название белка Coverage, % Identity, % E-value
YP_007517020.2 translation elongation factor EF-Tu [Euglena viridis] 55 27 4e-34
AMD08032.1 translation elongation factor EF-Tu [Euglena mutabilis] 55 28 7e-34
YP_009389158.1 translation elongation factor EF-Tu [Euglena archaeoplastidiata] 56 27 8e-34
AKL78980.1 translation elongation factor EF-Tu [Euglena viridis] 55 27 1e-33

Выравнивание с помощью Tcoffee
Выравнивание с помощью Muscle

Комментарии к выравниванию

Pазличия в работе программ выравнивания наблюдаются в местах, где происходит добавление гэпов, а также в концевых и начальных участках. Например, Muscle, в отличие от Tcofee находит в позициях 630-640 гомологичные.Также выравнивание Tcoffee длинее из-за добавления большего кол-ва гэпов.

Доменные архитектуры

В данной работе была проанализирована доменная архитектура белка селеноцистеин-специфический фактор элонгации трансляции [1].
В базе данных Pfam, был найден домен этого белка. Результат данного поиска представлен на рисунке. В состав данного белка входит три домена - домен GTP_EFTU в позициях 10-206, домен GTP_EFTU_D2 в позициях 229-299 и домен GTP_EFTU_D3 в позициях 303-398.

Доменная архитектура белка селеноцистеин-специфический фактор элонгации трансляции

В данной работе были рассмотрены три также встречающиеся доменные архитектуры.
  1. Этот домен входит в белок Translation elongation factor G-related protein в позициях 7-276. Также в позициях 318-385 располагается домен GTP_EFTU_D2.

    Доменная архитектура Translation elongation factor G-related protein

  2. В состав белка Elongation factor 4 в позициях 6-186 располагается домен GTP_EFTU, в позициях 209-279 - домен GTP_EFTU_D2, в позициях 296-371 - домен EFG_II, в позициях 403-492 - домен EFG_C, а в позициях 493-599 - домен LepA_C.

    Доменная архитектура Elongation factor 4

  3. Белок Elongation factor G состоит из единственного домена GTP_EFTU в позициях 28-303.

    Доменная архитектура Elongation factor G

Functions of domains
Domain Description
GTP_EFTU In molecular biology, the GTP-binding elongation factor family, EF-Tu/EF-1A subfamily is a family of elongation factors, which includes the eukaryotic eEF-1 and the prokaryotic EF-Tu. These proteins consist of three structural domains: the GTP-binding domain, and two oligonucleotide binding domains that are often referred to as domain 2 and domain 3. The GTP-binding domain has been shown to be involved in a conformational change mediated by the hydrolysis of GTP to GDP.
GTP_EFTU_D2 Elongation factor Tu consists of three structural domains, this is the second domain. This domain adopts a beta barrel structure. This the second domain is involved in binding to charged tRNA. This domain is also found in other proteins such as elongation factor G and translation initiation factor IF-2.
GTP_EFTU_D3 Domain 3 represents the C-terminal domain, which adopts a beta-barrel structure, and is involved in binding to both charged tRNA and to EF1B (or EF-Ts).
EFG_C This domain includes the carboxyl terminal regions of Elongation factor G, elongation factor 2 and some tetracycline resistance proteins and adopt a ferredoxin-like fold.
LepA_C This family consists of the C-terminal region of several pro- and eukaryotic GTP-binding LepA proteins

Источники:

[1] Селеноцистеин-специфический фактор элонгации трансляции

© Raldugina Vasilisa 2016