Ралдугина Василиса

Студентка Факультета биоинженерии и биоинформатики

МГУ имени М.В. Ломоносова

Обо мне

Главная

Сайт ФББ МГУ

Анализ информации о геноме белка бактерии Planococcus sp. L10.15 в базе данных Uniprot


Общая информация

C помощью сервиса "Retrieve/ID mapping" по идентификатору CDS (ANU26136.1) я нашла запись Uniprot с моим белком бактерии Planococcus sp. Проанализировать данные Uniprot, я выявила, что исследованный белок называется Selenocysteine-specific translation elongation factor. Вся информация таблицы была взята из записи Uniprot этого белка.

Uniprot ID A0A1B1RYY2_9BACL
Uniprot AC 0A1B1RYY2
Refseq ID WP_049694216.1
PDB ID -
Длина (AA) 634
Молекулярная масса (MW) 72345
SubName (Full) Selenocysteine-specific translation elongation factor {ECO:0000313|EMBL:ANU26136.1}

Описание кластеров Uniref

    • Uniref100 - утилита, объединяющая 100% идентичные последовательности или фрагменты из 11 и более остатков, являющиеся подпоследовательностями.

      ID кластера моего белка - UniRef100_A0A1B1RYY2, он отвечает за кодировку одного белка организма Planococcus sp. Эта последовательность является копией последовательности моего белка.

    • Uniref90 сотставлен из псоледовательностей, идентичных по крайней мере на 90% или перекрывающихся на 80% и более.

      ID кластера - UniRef90_A0A1B1RYY2 , он также содержит 1 белок (идентичный моему).

    • UniRef50 составлен из последовательностей идентичных на 50%.

      ID кластера - UniRef50_A0A098EYH5, он содержит 115 последовательностей.

    Advanced search в Uniprot

    • Запрос: name:"selenocysteine specific" translation elongation factor.
      Результат запроса: 2577 последовательности из базы TrEMBL и 7 рецензированных из Swiss-Prot.

    • Запрос: name: "selenocysteine specific" translation elongation factor AND organism:"Planococcus sp. L10.15. [1302659]" (поиск по названию белка среди данного организма).
      Результат запроса: 1 нерецензированная последовательность из базы TrEMBL.

    • Запрос: name:"selenocysteine specific" translation elongation factor taxonomy:"Planococcus[1372]" (поиск по названию белка среди семейства)
      Результат запроса: Отсуствуют последовательности

    • Запрос: name:"selenocysteine specific" translation elongation factor taxonomy:"Firmicutes [1239]" (поиск по названию белка среди данного отдела).
      Результат запроса: 396 нерецензированных последовательностей из базы TrEMBL и 1 рецензированная из Swiss-Prot.



    • Запрос: name:myosin taxonomy:"Metazoa [33208]" (поиск белка миозина среди таксона животные).
      Результат запроса: Найдено 16382 нерецензированных последовательностей из базы TrEMBL и 339 рецензированных из Swiss-Prot.

    • Запрос: name:trypsin (поиск белка трипсина).
      Результат запроса: Найдено 13724 нерецензированных последовательностей из базы TrEMBL и 310 рецензированных из Swiss-Prot.

      Запрос: name:trypsin name:inhibitor (поиск ингибиторов трипсина).
      Результат запроса: Найдено 2775 нерецензированных последовательностей из базы TrEMBL и 209 рецензированных из Swiss-Prot.

    © Raldugina Vasilisa 2016