Сборка de novo
В первую очередь я скопировала файл A.fastq.gz в рабочую директорию с помощью команды:
| cp /nfs/srv/databases/ngs/sas/2017/A.fastq.gz /nfs/srv/databases/ngs/vasidze/ |
и разархивировала его командой
Затем переместила адаптеры из папки /P/y16/term3/block3/adapters в рабочую директорию:
| cp /P/y16/term3/block3/adapters/*.fa/nfs/srv/databases/ngs/vasidze |
Файлы были объединены в один командой
| cat *.fa > adapters.fasta |
Адаптеры были удалены командой
| java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33
A.fastq 1Atrim.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 |
Затем была использована программа trimmomatic для удаления части ридов с низким качеством и коротких ридов:
| java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33
1Atrim.fastq 1Am.fastq SLIDINGWINDOW:5:28 MINLEN:32 |
Рамка на пять нуклеотидов вырезает участок, если среднее значение качества на нуклеотид на этом участе меньше
28(SLIDINGWINDOW:5:28).
После этого риды короче 32 букв также вырезаются(MINLEN:32).
Объем файла до чистки 994 M, 3869869 ридов (91.38%)
После чистки 839 M, 3534630 ридов
Для создания 31-меров была использована команда
|
velveth kmers 31 -fastq -short 1Am.fastq |
<После этого контиги были собраны командой
3) Выход программы: (были проанализированны файлы contig.fa и stats.txt)
| Параметр |
Значение для k=31 |
| N50 |
69 |
| Максимальное покрытие контига |
739.042542 (длина 77) |
| Минимальное покрытые контига |
1(длина 65) |
| Самые длинные контиги: длина и покрытие и id |
940, 5.329787 (id 10682)
708, 9.601695 (id 35694)
643, 3.864697 (id 13934) |
|
Аннотация лучшей находки |
Число выравниваний с контигом |
Покрытие контига |
Процент идентичности |
| Самый длинный контиг |
Arabidopsis thaliana
Cysteinyl-tRNA synthetase,
class Ia family protein mRNA |
1 |
100% |
100% |
| Контиг с большим покрытием |
Arabidopsis thaliana
hypothetical protein mRNA |
1 |
100% |
100% |
| Контиг с меньшим покрытием |
Arabidopsis thaliana soybean
gene regulated by cold-2 (SRC2), mRNA |
1 |
80% |
100% |
Самый длинный контиг NODE_16572
Контиг с максимальным покрытием покрытием NODE_80919
Контиг с минимальным покрытием покрытием NODE_248250
© Raldugina Vasilisa 2016 |
