Чтение последовательности ДНК на основании данных, полученных из капиллярного секвенатора по Сэнгеру.

    Общая характеристика хроматограммы:

• По хроматограмме (H11) были определены длины нечитаемых участков для прямого прочтения. Хроматограмма оказалась нечитаема до 39 основания и с 635 основания.
  После определения нечитаемых участков для прямого прочтения, я открыла обратное и перешла к комплементарной цепочке.
  Комплементарное обратное прочтение читаемо с 95 нуклеотида, который соответствует 60 нуклеотиду на прямой цепи и до 655 нуклеотида, соответствующего 620 нуклеотиду на прямой цепи.
Далее, я установила соотвествие между двумя цепочками. На хроматограмме H11 искомое соотсветсвие начинается с 19 основания, а на H12 (reverse) с 54 основания.
• Уровень шума достаточно низок - около 10% от нормального сигнала и меньше.
• Сила сигнала в обоих прочтениях варьирует в достаточно сильно, но сигнал всегда отличим от шума. Шум практически всегда на очень низком уровне и не мешает различить сигнал. Таким образом, можно сделать вывод, что качество хроматограммы довольно высокое

    Примеры исправления нуклеотидов:

1	2	3-5
Обратное прочтение (хроматограмма снизу). 383-й нуклеотид программа обозначила как N, однако при прямом прочтении ясно читается С.	Прямое прочтение (хроматограмма сверху). 53-й нуклеотид обозначен программой как G, при этом пик довольно расплывчатый. Если мы сопоставим два прочтения, то мы увидим, что одна G из трех лишняя.	Прямое прочтение. 78 нуклеотид обозначен программой как G. Однако сопоставлние с обратным прочтением (хроматограмма снизу) позволяет удостовериться, что это действительно G, т.к. пик выделяется гораздо лучше.