Ралдугина Василиса

Студентка Факультета биоинженерии и биоинформатики

МГУ имени М.В. Ломоносова

Обо мне

Главная

Сайт ФББ МГУ

PSI-BLAST

Для выполнения задания мной был выбран белок с идентификатором AC Q67XL4. С помощью psi-blast для него было найдено семейство гомологов. Этот белок соответствует РНК-связывающемуся белку CRS1 и принадлежит организму вида Arabidopsis thaliana. По данному белку был произведен поиск в базе данных NR BLAST.


Номер итерацииЧисло находок выше порога (0.005)Идентификатор худший находки выше порога E-value этой находкиИдентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки
117Q9FFU1.1 0.004 Q9SL79.20.011
219 Q8VYD9.1 3e-29 Q5ZK40.1 0.035
319Q8VYD9.1 7e-45 F1QBY1.10.14
Таблица 1. Итерации поиска PSI-BLAST.

В последней итерации наблюдается большое различие в E-value между худшей последовательностью выше порога и лучшей последовательностью ниже порога. Из этого можно сделать вывод, что это и есть семейство гомологичных белков.

© Raldugina Vasilisa 2016