Упражнения к теме "Филогенетические деревья" 
26.02.08
        
 
I. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
Этапы работы: 
1. Программой fseqboot создала 100 бутстреп-реплик выравнивания: 
fseqboot offsprings.fasta -auto 
(результат положен в файл offsprings.fseqboot). 
2. Подала полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml. 

fdnaml offsprings.fasta -ttratio 1 -auto
Выходной файл offsprings.treefile оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний. 
3. Запустите программу fconsense. В выходной файл будут помещены результаты бутстреп-анализа. 
fconsense
Majority-rule and strict consensus tree
Phylip tree file:
Error: Input file is required
Phylip tree file: offsprings.treefile
Phylip consense program output file [offsprings.fconsense]: offsprings.fconsense

Consensus tree written to file "offsprings.treefile"

Output written to file "offsprings.fconsense"

Done.
Получился консенсус:
Species in order: 

  1. B
  2. C
  3. D
  4. F
  5. E
  6. A


Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..****                     97.00
..***.                     62.00
...**.                     47.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..**..                     30.00
...***                     26.00
...*.*                     17.00
....**                      6.00
..**.*                      6.00
..*..*                      5.00
.****.                      3.00
..*.*.                      1.00


Extended majority rule consensus tree

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

                       +-------------D
                +-62.0-|
                |      |      +------E
         +-97.0-|      +-47.0-|
         |      |             +------F
  +------|      |
  |      |      +--------------------A
  |      |
  |      +---------------------------C
  |
  +----------------------------------B


  remember: this is an unrooted tree!
Скобочная формула из файла offsprings.treefile:
((((D:100.0,(E:100.0,F:100.0):47.0):62.0,A:100.0):97.0,C:100.0):100.0,B:100.0);
Изображение филогенетического дерева в графическом формате
Поместите скобочную формулу заданного ("реального") дерева в отдельный файл. 
Подайте файл на вход fdrawtree. 
fdrawtree
Plots an unrooted tree diagram
Phylip tree file: tree_Formula.txt
Phylip drawtree output file [tree_formula.fdrawtree]: tree_Formula.ps
DRAWTREE from PHYLIP version 3.6b
Reading tree ...
Tree has been read.
Loading the font ...
Font loaded.

Writing plot file ...

Plot written to file "tree_Formula.ps"

Done
1. .Результат fdrawtree имеет формат postscript. Рекомендуется переименовать выходной файл, придав ему расширение .ps, после чего его можно либо прямо импортировать в документ Word, либо открыть под Windows ассоциированной программой GSview и экспорировать в GIF-формат 
Отчет по этому упражнению состоит из изображения и краткого комментария к нему.

Дополнительные задания

1) 
fseqboot offsprings.fasta -test j -auto

 bootstrap: false
jackknife: true
 permute: false
 lockhart: false
 ild: false
 justwts: false

completed replicate number   10
completed replicate number   20
completed replicate number   30
completed replicate number   40
completed replicate number   50
completed replicate number   60
completed replicate number   70
completed replicate number   80
completed replicate number   90
completed replicate number  100

Output written to file "offsprings.fseqboot"

Done.

О команде fretree