Определим % сходства выровненных фрагментов.
Процентом сходства будем считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%. Сходными буквами будем считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно. Так вот,- общее число колонок: 23;
- число колонок со сходными элементами: 12 (номера колонок: 1, 2, 9, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 21 - идентичные элементы, 6, 8 - сходные элементы - E и D);
Процент сходства: (12/23) * 100% = 52,17%
[Однако если бы мы не считали крайние несходные колонки, этот процент был бы несколько больше: (12/21) * 100% = 57,14%.]
Построила иное выравнивание alignment3.msf
2-х заданных фрагментов с весом, даже несколько лучшим, чем получилось в обязательном упр.2: модуль отрицательных замен выходит на 3 единицы меньше. Рисунок: aln3.gif.