WELCOME MY FRIEND!

Для этих последовательностей провела итеративный поиск по банку Swiss-Prot программой PSI-BLAST. Выполняем до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога 0,005 на E-value; если же и после пятой итерации список не стабилизировался, можно на этом остановиться.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0.004	0.005	239	0.003	0.007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3e-10	5.0	449	8e-31	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0.003	0.008	388	2e-12	0.031
MENC_ECOLI	P29208	5	362	0.005	0.005	362	0.005	0.005

Итерации для каждой последовательности ведут себя по-разному. Так, например, для первой последовательности количество находок выше порога E-value в 0.005 увеличивается почти в два раза после 5 итерации по сравнению с первой, для второй не изменяется после второй итерации, для третьей - увеличивается после четвёртой не так заметно, как для первой и , наконец, для последовательности моего белка после пяти итераций не изменяется. О разрыве между значениями E-value на границе порога 0.005 тоже нельзя судить однозначно. Так, для первой, третьей и четвёртой - моей последовательности - в первой итерации он не выходит за пределы порядка или даже не изменяется, то же можно сказать и для первой и четвертой последовательности в последней итерации. Однако для второй последовательности в первой итерации, а также для второй и третьей последовательностей в последних итерациях этот разрыв достигает нескольких порядков. Особенно наглядно это можно проследить по второй последовательности во второй итерации. Сходимости удаётся достичь далеко не всегда. Так, для второй последовательности она достигается уже на второй итерации. Для первой же последовательности и последовательности моего белка её не удаётся достичь и на пятой.

 
Можно сделать вывод о том, что при достижении сходимости итераций разрыв с каждой итерацией растёт. Если же сходимость не достигается, мы остаёмся приблизительно на тех же значениях разрыва.