Нам дано пространственное наложение структур двух белков (или частей белков), а также последовательности этих белков в fasta формате. В GeneDoc построили выравнивание аминокислотных последовательностей, соответствующее данному пространственному наложению структур: aln21_22.msf
Качество работы автоматического выравнивания в данном случае, как видно, оставляет желать лучшего. Посмотрим хотя бы по совпадениям: их количество с использованием программы needle почти втрое превышает автоматическое. Наврятли им можно пользоваться в более серьёзных случаях, раз даже здесь выравнивание выглядит настолько формальным - хотя бы тот факт, что оно ведётся от начальных позиций последовательностей, когда совсем небольшое смещение могло бы значительно повлиять на результат.