WELCOME MY FRIEND!


Банк UniProt



  • Информация о белке MENC_ECOLI из документа банка UniProt:

      Метка поля Содержание
    Код(ы) доступа ("Accession number") AC P29208; P76476; P76931;
    Идентификатор записи в БД ID MENC_ECOLI Reviewed; 320 AA.
    Название (краткое описание) белка DE Полное: o-succinylbenzoate synthase; сокращённое: OSB synthase или OSBS;
    EC=4.2.1.113; полное химическое название: 4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase
    или o-succinylbenzoic acid synthase;
    Дата создания документа DT 01-DEC-1992
    Дата последнего исправления аннотации DT 20-JAN-2009
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
    Журнал и год самой поздней публикации RL Biochemistry 39:10662-10676(2000).
    Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Lyase; Magnesium; Menaquinone biosynthesis; Metal-binding.
    Что содержит поле комментариев? CC Функция: преобразование SHCHC () в OSB ().
    Каталитическая активность: (1R,6R)-6-hydroxy-2-succinylcyclohexa-2,4-
    diene-1-carboxylate = 2-succinylbenzoate + H(2)O.
    Кофактор: магний.
    Путь: биосинтетический кофактор; биосинтез менакинона;
    менокинон из chorismate: шаг 4/8.
    Сходство: принадлежит к mandelate racemase/muconate lactonizing
    семейству ферментов. 1 подсемейство типа MenC.
    ОХРАНЯЕТСЯ авторским правом Консорциума UniProt, смотри http://www.uniprot.org/terms
    Распространяется под Творческой Общей Лицензией Attribution-NoDerivs
    Идентификаторы записей PDB DR 1FHU, 1FHV, 1R6W, 2OFJ

     

  • Вопрос: Какие аминокислотные остатки Вы бы стали модифицировать, чтобы изменить характер связывания металла с белком?
    Ответ: 161-й, 190-й, 213-й, т.к. именно они связываются с металлом.
  • Пользуясь поиском на сайте UniProt, можно определить, например, сколько записей в UniProt описывает белки примерно с тем же описанием (DE), что и мой белок. Результаты привожу в виде таблицы:

     Запрос  Число записей
    в SwissProt    		 Число записей
    в TrEMBL
    "4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase"444
    EC=4.2.1.113440
    OSB11292
    o succinylbenzoate synthase4496

  • Просмотрим же теперь список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию моего белка.
    Интересно выбрать один из них, наиболее "похожий", но из другого организма, и получить полный текст соответствующей записи.
    Приведённую таблицу заполняем, в левую колонку внося сведения о моём белке, а в правую - о выбранном.

      Метка поля Белок 1 Белок 2
    Первый код доступа AC P29208 P58485;
    Идентификатор последовательности в БД ID MENC_ECOLI Reviewed; 320 AA. MENC_SALTI Reviewed; 320 AA.
    Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=o-succinylbenzoate synthase;
    Short=OSB synthase;
    Short=OSBS;
    EC=4.2.1.113;
    AltName: Full=4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase;
    AltName: Full=o-succinylbenzoic acid synthase;    		 RecName: Full=o-succinylbenzoate synthase;
    Short=OSB synthase;
    Short=OSBS;
    EC=4.2.1.113;
    AltName: Full=4-(2'-carboxyphenyl)-4-oxybutyric acid synthase;
    AltName: Full=o-succinylbenzoic acid synthase;
    Дата создания документа DT 01-DEC-1992 19-DEC-2001
    Дата последнего исправления аннотации DT 20-JAN-2009 20-JAN-2009
    Название организма OS Escherichia coli (strain K12) Salmonella typhi
    Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
    Enterobacteriaceae; Escherichia.    		 Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
    Enterobacteriaceae; Salmonella.
    Длина последовательности ID,SQ 320 AA 320 AA.
    Молекулярная масса белка SQ 35477 MW 35359 MW
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 6 2
    Журнал и год самой поздней публикации RL Biochemistry 39:10662-10676(2000). J. Bacteriol. 185:2330-2337(2003).
    Описание вторичной структуры
    Вообще-то, как такового этого писания нет - но видна информация, что белки одноцепочечные, и ещё кое-что)    		 FT CHAIN 1 320 o-succinylbenzoate synthase.
    /FTId=PRO_0000171270.
    ACT_SITE 133 133 Proton donor.
    ACT_SITE 235 235 Proton acceptor.
    METAL 161 161 Magnesium.
    METAL 190 190 Magnesium.
    METAL 213 213 Magnesium.
    CONFLICT 176 177 Missing (in Ref. 1; AAA71917).    		 CHAIN 1 320 o-succinylbenzoate synthase.
    /FTId=PRO_0000171274.
    ACT_SITE 133 133 Proton donor (By similarity).
    ACT_SITE 235 235 Proton acceptor (By similarity).
    METAL 161 161 Magnesium (By similarity).
    METAL 190 190 Magnesium (By similarity).
    METAL 213 213 Magnesium (By similarity).
    Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Lyase; Magnesium;
    Menaquinone biosynthesis; Metal-binding.    		 Complete proteome; Lyase; Magnesium; Menaquinone biosynthesis;
    Metal-binding.
    Темы, освещённые в комментариях
    Пускай слева будет по-русски, а справа- по-английски- всё равно одно и тоже)    		 CC Функция: преобразование SHCHC () в OSB ().
    Каталитическая активность: (1R,6R)-6-hydroxy-2-succinylcyclohexa-2,4-
    diene-1-carboxylate = 2-succinylbenzoate + H(2)O.
    Кофактор: магний.
    Путь: биосинтетический кофактор; биосинтез менакинона;
    менокинон из chorismate: шаг 4/8.
    Сходство: принадлежит к mandelate racemase/muconate lactonizing
    семейству ферментов. 1 подсемейство типа MenC.
    ОХРАНЯЕТСЯ авторским правом Консорциума UniProt,
    смотри http://www.uniprot.org/terms
    Распространяется под Творческой Общей Лицензией Attribution-NoDerivs    		 FUNCTION: Converts SHCHC to OSB (By similarity).
    CATALYTIC ACTIVITY: (1R,6R)-6-hydroxy-2-succinylcyclohexa-2,4-
    diene-1-carboxylate = 2-succinylbenzoate + H(2)O.
    COFACTOR: Magnesium (By similarity).
    PATHWAY: Cofactor biosynthesis; menaquinone biosynthesis;
    menaquinone from chorismate: step 4/8.
    SIMILARITY: Belongs to the mandelate racemase/muconate lactonizing
    enzyme family. MenC type 1 subfamily.
    Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms
    Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License
    Особенности последовательности FT 
    Цепь - одна, 320 аминокислот; о-сукцинилбензоат синтаза.
Активная область - 133-й остаток: донор протонов;
акт. область - 235-й участок: акцептор протонов;
к остаткам под номерами 161, 190, 213 присоединён металл-лиганд - Mg.
В районе 176-177 аминокислот - противоречие: 
отсутствие...(in Ref. 1; AAA71917)
далее - повороты, связки, спирали...
    		 
    Цепь - одна, 320 аминокислот; о-сукцинилбензоат синтаза.
Активная область - 133-й остаток: донор протонов;
акт. область - 235-й участок: акцептор протонов;
к остаткам под номерами 161, 190, 213 присоединён 
металл-лиганд - Mg.
    Идентификаторы записей PDB DR 1FHU, 1FHV, 1R6W, 2OFJ 1FHU

      Таким образом, сходство налицо.) Однако несколько меньшее количество данных, статей и пр. в правой колонке, нежели в левой, может свидетельствовать о меньшей изученности MENC_SALTI у Salmonella typhi, по сравнению с MENC_ECOLI.
     

     


    К блоку
    Ко 2му семестру
    На главную

    © Шишкова Настя, 2008