WELCOME MY FRIEND!


Wolinella succinogenes


Теперь я хочу рассказать об удивительной бактерии, доставшейся мне.
Презентации на различные темы, касающиеся моей бактерии можно посмотреть здесь.
И ещё кое-что вот здесь
А статьи вот здесь.
А ещё тут и тут попонятней:-). На последней страничке в самом начале статьи- хорошие ссылки на геном и его анализ.

вот она какая
ОПИСАНИЕ И ЗНАЧЕНИЕ

Wolinella succinogenes принадлежит эпсилон-подклассу proteobacteria вместе со
своими близкими родственниками
Helicobacter Pylori, Helicobacter hepaticus и Campylobacter jejuni, однако это единственный вид рода Wolinella. H.pyori и С.
jejuni являются группами Helicobacteraceae и Campylobacteraceae соответственно, которые вредны и выступают в качестве
патогенов в организме человека и животных. С H. PYLORI были связаны язвы и рак желудка; было установлено, что С. jejuni 
является причиной болезни синдром Гийена-Барре. Хотя Wolinella succinogenes, грам-положительная бактерия, 
была отмечена в качестве члена Helicobacteraceae, она существует филогенетически как промежуточное звено между этими двумя группами. 
Первоначально она была выделена от крупного рогатого скота Румен, где она проживает, 
но затем она была вновь изолирована с учётом других молекулярных методов. Хотя она считается непатологичной в пребывании внутри организма, 
она содержит много вирулансных генов, которые идентичны тем, которые содержатся в рамках остальных- Helicobacteraceae и Campylobacteraceae групп. (3) 

СТРУКТУРА ГЕНОМА


Нуклеотидная последовательность Wolinella succinogenes показала, что её кольцевая хромосома
состоит из 2110355 базовых пар. Не были обнаружены плазмиды (1). Содержание более крупного генома,
нежели у его родственников H. PYLORI, H. hepiticus и C.jejuni, 
позволяет W.succinogenes адаптироваться к его пребыванию внутри крупного рогатого скота, а её "партнерам"
занимать людей и грызунов. "Нахождение в тесном родстве с В. succinogenes трёх других видов, [H.pylori, Х. hepiticus,
C.jejuni], было продемонстрировано с использованием морфологических, физиологических и молекулярных
методов классификации, и это отражено в содержании их генов, поскольку их доля ~ 50% (общ.)". 
(2) Содержание этого широкого спектра от единообразия в геномном содержании вместе с W.succinogenes, имеющими крупные геномы, 
предполагает четверо стволовых родственников с предками также крупного генома. Флексибельность геномных островов и островков,
которые наблюдались, в частности, в районах генома, позволяет предположить, что последние гены могут иметь место в передаче 
В. succinogenes. Таким образом, "На 29% больше генома В. succinogenes- коды для генов 
не найдены ни в одном из его эпсилон-протеобактериальных родственников ..., как [I] вероятно, что В. succinogenes 
не может быть ограничен в своих экологических нишах крупного рогатого скота Румена. "(1) 

КЛЕТОЧНАЯ СТРУКТУРА И МЕТАБОЛИЗМ


Wolinella succinogenes имеет цилиндрической формы организм с единственным жгутиком на одном из своих полюсов. 
Это несинтезирующие бактерии с внешней средой в качестве своего единственного источника углерода. Поэтому она использует 
анаэробное дыхание. Wolinella succinogenes также содержит защитные ферменты, которые помогают бактериям 
в перерабоке активных форм кислорода, которые могут изменить клетку. Не существует никаких доказательств синтеза 
глюкозы. Однако фозофруктокиназа-кодирующие гены, обеспечивающие путь от глюкоза-6 фосфата 
до пирувата, позволяют предположить, что "W.succinogenes использует гликолитические энзимы исключительно для глюконеогенезиса.". (1)
 
ЭКОЛОГИЯ
 

Самым полезным аспектом исследования Wolinella succinogenes является вклад, предворяющий понимание 
существующих патогенов в его родственниках. С расширением знаний о её структуре и функцях, структура и функции тесно связанных 
с ней видов также могут быть лучше поняты.
 
ПАТОЛОГИЯ

Существуют неновые свидетельства о том, что Wolinella succinogenes сама не патогенна, хотя её близкие родственники таковы.
Есть же идентичные вирулантные факторы, свидетельствует В. succinogenes, которые также видели в других местах. 
Хотя H. PYLORI очень близкий родственник, он мог бы обнаружить, что W.succinogenes содержит множество генов, 
которые были определены в качестве факторов вирулантности в C.jujeni. В частности, являющийся ключевым патогенным агентом C.jejuni, 
"антиген B", также содержится в W.succinogenes, но не в каком-либо из других близких родственников. (1) 

ПРИМЕНЕНИЕ В БИОТЕХНОЛОГИИ


В. succinogenes известна как крупнейшая по плотности двух компонентов передачи сигналов (TCST) белков. 
Эти белки позволяют бактериям контролировать стимулы в своей среде. W.succinogenes "широкий круг TCST в предполагает 
возможность проживать в более чем одной биологической ниш. "Обширные два компонента сигнальной сети
были рассмотрены чертой экологического штаммов, отвечающих за способность жить в самых разнообразных условиях и рост бактерий, 
сложность жизненных циклов" (1) 

ТЕКУЩИЕ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЕ РАБОТЫ 

1. C. Стефан Шустер, адъюнкт-профессор кафедры биохимии и молекулярной биологии предоставил много информации 
о его работе по Wolinella succinogenes. В настоящее время в исследованих в своей лаборатории в университете штата Пенсильвания будет стремиться 
к выявлению генов, уникальных для В. succinogenes, C. jejuni, и H. PYLORI. Он заявляет, 
что "на основе изучения этих генов, которые разделяют все три вида организмов, [он] может определить основные молекулярные
механизмы, используемые симбиотическими, комменсалистскими или патогенными бактериями, чтобы сохранить себя в принимающей среде позвоночных. (4) 


2. Работы, вписанные в ссылку № 3, как отметил автор, "создают основу для дальнейших функциональных и структурных 
исследований этих мембранно-белковых комплексов, и для проверки новых и весьма эффективных ингибиторов".
Их исследования мембранных белков неизбежно наблюдаются в W.succinogenes и будет способствовать дальнейшему пониманию в этой сфере. (3) 


3. Исследование генов, общих для нескольких видов дают основу значительно передовых знаний патогенных механизмов. 
Дальнейшие исследования других общих генов и выражений из них будут добавлять к текущему, до сих пор существовавшему пониманию. (2)





Ссылки: 

(1) Бар C и др.. (2003) 

Бар, C., Eppinger, М., Raddatz, Г. Симон, J., Lanz, C., Klimmek, O., Nandakumar, R., Валовая, R., Rosinus, А., Келлер, Х., 
Jagtap, P., Линке, Б., Мейер, Ф., Ледерер, H., и Шустер, СК "Полный последовательность и анализ генома 
Wolinella succinogenes". Нац. Нац. Акад. Физ.-мат. США (2003) 100:11690-11695.
 

(2) Epinge, М., Бар, C., Raddarz, G., Huson Д., Шустер, С. "Сравнительный анализ четырех Campylobacterales". 
Природа. Обзоры микробиологии, 2, 872-885. 


(3) Mileni, М., MacMillan, F., Tziatzios, C., Zwicker, K., Haas, A., Mantele, W., Симон, J., Ланкастер, К. 
"гетерологические производства в Wolinella succinogenes и квалификация от quinol: fumarate редуктазы ферментов с Helicobacter Pylori 
и Campylobacter jejun ". Biochem J. 2006 Апрель 1; 395 (Pt 1): 191-201. 
Опубликована в сети Интернет 15 марта 2006 года. Опубликованная онлайн 21 декабря 2005. DOI: 10.1042/BJ20051675. 
на авторском праве биохимического общества, Лондон. 


(4) Стефан C. Шустер. Доцент кафедры биохимии и молекулярной биологии. "Эволюция генома в принимающей адаптации бактерии". 
Веб-сайт: http://www.bmb.psu.edu/faculty/schuster/schuster.html

Информация о геноме и протеоме бактерии.

Информация о компонентах:
Название компонента Количество белков Тип Длина (bp) Av. CDS -длина Содержание GC-пар Охват CDS Количество генов
Хромосома 2045 Кольцевая 2110355 970.704 48.5% 94% 2045
  2028  
Композиция аминокислот:
Распределение длин белков:
Использование триплетов:


InterPro top 30 - данные для W.succinogenes
InterPro Соответствующие белки (охват протеома) Ранг* Название
IPR003593 65 (1.45%) 1 AAA+ ATPase, core
IPR011006 56 (1.25%) 2 CheY-like
IPR001789 56 (1.25%) 2 Signal transduction response regulator, receiver region
IPR016040 46 (1.02%) 4 NAD(P)-binding
IPR003594 40 (0.89%) 5 ATP-binding region, ATPase-like
IPR003439 38 (0.85%) 6 ABC transporter-like
IPR013785 37 (0.82%) 7 Aldolase-type TIM barrel
IPR005467 37 (0.82%) 7 Signal transduction histidine kinase, core
IPR003661 35 (0.78%) 9 Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation and phosphoacceptor region
IPR014729 33 (0.73%) 10 Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
IPR004089 32 (0.71%) 11 Chemotaxis methyl-accepting receptor, signalling
IPR001450 31 (0.69%) 12 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding
IPR011991 30 (0.67%) 13 Winged helix repressor DNA-binding
IPR004358 30 (0.67%) 13 Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal
IPR009082 29 (0.65%) 15 Signal transduction histidine kinase, homodimeric
IPR003660 29 (0.65%) 15 Signal transduction histidine kinase, HAMP region
IPR015424 24 (0.53%) 17 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region
IPR015421 22 (0.49%) 18 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1
IPR000014 22 (0.49%) 18 PAS
IPR001610 21 (0.47%) 20 PAC motif
IPR000160 21 (0.47%) 20 GGDEF
IPR006311 20 (0.45%) 22 Twin-arginine translocation pathway signal
IPR001867 20 (0.45%) 22 Signal transduction response regulator, C-terminal
IPR000515 20 (0.45%) 22 Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
IPR007197 19 (0.42%) 25 Radical SAM
IPR016027 17 (0.38%) 26 Nucleic acid-binding, OB-fold-like
IPR012336 17 (0.38%) 26 Thioredoxin-like fold
IPR013655 16 (0.36%) 28 PAS fold-3
IPR012340 15 (0.33%) 29 Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR012335 15 (0.33%) 29 Thioredoxin fold
  893(19.87%)    

Таксономия

Происхождение: Wolinella succinogenes

Таксономический идентификатор 844
Научное название Wolinella succinogenes
Бытовое название -
Синоним -
Другие NCBI-синонимы Vibrio succinogenes Wolin et al. 1961 (Approved Lists 1980)
Wolinella succinogenes (Wolin et al. 1961) Tanner et al. 1981
Vibrio succinogenes
Wolinella succinicigenes
Ранг вид
Номер по данным UniProtKB/Swiss-Prot 324
Номер по данным UniProtKB/TrEMBL 1732



К блоку
К 1му семестру
На главную.



© Шишкова Настя, 2008