Первый семестр

Описание пространственной структуры RRF_ECOLI
по данным банка PDB, код 1ek8

Метод определения структуры - РСА, разрешение - 2.3A. Диаметр белка - 87.38 A, или 8.738*10-9м, или 0,004 длин кишечной палочки.
На рисунке изображен остов белка rybosome resycling center с окружающими его молекулами воды (отмечены маленькими голубыми шариками), лигандом (decyloxy–methanol) и атомами ртути (Hg). Все молекулы комплекса подписаны. 
load H:\Term1\CreditWorks\work\1ek8.pdb
background [100,120,200]
 select protein 
backbone 70
color red
wireframe off
select val126:a.c
color label black
label protein RRF
set fontsize 14
set fontstroke 2

select dem
spacefill 
color blue
select dem and *.cm
color label black
label ligand DEM
set fontsize 10
set fontstroke 
center dem
    echo Obwii vid
    pause
   select protein
backbone 40
color red
select pro103:a.* , leu36:a.*, arg31:a.*, leu87:a.* , leu89:a.*
wireframe 90 
color cpk

select pro103:a.o
color label black
label PRO103(A)

select leu36:a.cd2  
  color label black
label LEU36(A)

select arg31:a.nh1
 color label black
label ARG31(A)


select leu87:a.cd2
color label black
label LEU87(A)

select leu89:a.cd2
color label black
label LEU89(A)

 select DEM
spacefill off
wireframe 120            
color blue
center dem
zoom 350
echo Vzaimodeistvujuwie ostatki vmeste s cepju belka
      pause


restrict dem, pro103:a.* , leu36:a.* ,arg31:a.*, leu87:a.* , leu89:a.*
 wireframe 40
color cpk

select dem
wireframe 100
color green

select dem and *.cm
label DEM
select dem and *.O5 
color red
select dem and *.O1
color red
zoom 600
echo Vzaimodeistvujuwie ostatki
      

select dem and *.c4
#, *.c5, *.c9, *.c10, *c2 
color cyan
cpk 120
#select dem and *.cm
#color label black
#label DEM 

select dem and *.c5 
 color cyan
cpk 120          
  select dem and *.c9 
 color cyan
cpk 120
select dem and *.c10 
 color cyan
cpk 120
select dem and *.c2 
 color cyan
cpk 120
 pause

select within(4.5,dem) and not dem and not HOH305
color cyan
cpk 120
echo Kontaktirujuwie atomi
 Данный скрипт создан для визуального представления взаимодействия белка с лигандом, выявления контактирующих участков и создания на основе этого генно-инженерного эксперимента.

© Карпусь Ольга, 2004