Второй семестр

Глобальное и локальное выравнивания аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание
  • последовательности, для которых строилась матрица переходов: MISD и MLAWD
  • параметры, использовавшиеся при построении матрицы:

    • цена совпадения аминокислот 2;
    • цена замены -1;
    • цена делеции -2;

  • выравнивание, соответствующие оптимальному пути: 
    
          MIS-D
          |   |
          MLAWD
  • вес оптимального пути: 0

Локальное выравнивание
  • последовательности, для которых строилась матрица переходов: ISKDA и MISDIRKDA
  • параметры, использовавшиеся при построении матрицы

    • цена совпадения аминокислот 2;
    • цена замены -1;
    • цена делеции -2;

  • выравнивание, соответствующие оптимальному пути: 
      
           KDA
           ||| 
           KDA
  • вес оптимального пути: 7
  • вес субоптимального пути: 4

Влияние параметров на глобальное выравнивание
  • штраф за открытие делеции – 1
  • штраф за продолжение делеции – 1 
RRF_ECOLI          1 MISDIRKDAEVRMDKCVEAFK-TQISKIRTGRASPSLLDGIVVEYYGTPT     49
                     ||||||||||||.||  || : .|.                         
CHUDO              1 MISDIRKDAEVRADK--EA-ELMQF                              22

RRF_ECOLI         50 PLRQLASVTVEDSRTLKINVFDRSMSPAVEKAIMASDLGLNPNSAGSDIR     99
                                                                       
CHUDO             23                                                        22

RRF_ECOLI        100 VPLPPLTEERRKDLTKIVRGEAEQARVAVRNVRRDANDKVKALLKDKEIS    149
                                                                       
CHUDO             23                                                        22

RRF_ECOLI        150 EDDDRRSQDDVQKLTDAAIKKIEAALADKEAELMQF    185
                                                         
CHUDO             23                                          22

Выравнивания были построены с помощью программы needle из пакета EMBOSS. Была использована афинная система штрафов за гэп(когда больше штрафуют за открытие делеции, чем за ее продолжение), что является наиболее биологически осмысленным шагом. Причем в первом выравнивании штрафы равны. Значит, по логике, второе выравнивание должно получиться более точным. Так оно и есть. Во втором случае, где штраф за открытие гэпа равен 10, вообще нет делеций, зато и меньше аминокислот совпадает. В первом случае имеют место быть единичные гэпы, что эволюционно маловероятно, но правильно по заданным параметрам. 

RRF_ECOLI          1 MISDIRKDAEVRMDKCVEAFKTQISKIRTGRASPSLLDGIVVEYYGTPTP     50
                     ||||||||||||.||..|..:.                            
CHUDO              1 MISDIRKDAEVRADKEAELMQF                                 22

RRF_ECOLI         51 LRQLASVTVEDSRTLKINVFDRSMSPAVEKAIMASDLGLNPNSAGSDIRV    100
                                                                       
CHUDO             23                                                        22

RRF_ECOLI        101 PLPPLTEERRKDLTKIVRGEAEQARVAVRNVRRDANDKVKALLKDKEISE    150
                                                                       
CHUDO             23                                                        22

RRF_ECOLI        151 DDDRRSQDDVQKLTDAAIKKIEAALADKEAELMQF    185
                                                        
CHUDO             23                                         22
  • штраф за открытие делеции – 10
  • штраф за продолжение делеции – 1

© Карпусь Ольга, 2004