Второй семестр

Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку RRF_ECOLI
                                                                                                                                               
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                  
O 7 4 7 3 4 | 4 4     :   K H D H D P E F A N S F N K M L K S F E A K M Q L V H E K L A K R F Q E A V V L P S Q G N F T Q L E A L F I   :   5 4
O 9 6 1 7 3 | 3 3 4   :   K M N K V Y E F L K K E S Y R F N L N N V S N D M F E N E K V K I N E R I Y T V K H I C H I K K K E N L F T   :   5 4
P 8 4 1 5 4 | 1 2     :   K M K R T L E K I E D E L R K M R T G K P S P A I L E E I K V D Y Y G V P T P V N Q L A T I S I S E E R T L   :   5 4
Q 5 W F T 1 | 1 2     :   R M D K A I D V L S R E L A K L R A G R A N P A L L D R V T V E Y Y G A Q T P L N Q L A S V T V P E A R L L   :   5 4
Q 5 W V Z 0 | 1 2     :   R M K K T I E A L H T D M S K I R T G R A N A S L L D H V M V D Y Y G S P T P L S Q V A N I T T S D S R T I   :   5 4
Q 5 X 4 K 0 | 1 2     :   R M K K T I E A L H S D M S K I R T G R A N A S L L D H V M V D Y Y G S P T P L S Q V A N I T T S D S R T I   :   5 4
Q 5 X D H 3 | 1 2     :   R F A Q S H Q S L S R E Y A S I R A G R A N A S L L D R I Q V D Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
Q 5 Y S 6 4 | 1 2     :   K M E K A V S V A K D D L G T I R T G R A N P G M F A R V V V D Y Y G S P T P V T Q M S S I T V P E P R M V   :   5 4
Q 5 Z U T 1 | 1 2     :   R M K K T I E A L H T D M S K I R T G R A N A S L L D H V M V D Y Y G S P T P L S Q V A N I T T S D S R T I   :   5 4
Q 6 0 B A 7 | 1 2     :   R M Q K S I E A L K H E F A K I R T G R A H P S L L E H I R V S Y Y G N E V P L T Q V A N V A V E D A R S L   :   5 4
Q 6 2 J C 7 | 1 3     :   K M Q R S I E A F K N D L A K I R T G R A H T G L L D H V Q V D Y Y G S M V P I S Q V A N L T L V D A R T I   :   5 4
Q 6 2 V 0 1 | 1 2     :   R M Q K A I S A Y Q R E L A T V R A G R A N P S L L D K V A V E Y Y G A Q T P L N Q I A S I T V P E A R M L   :   5 4
Q 6 3 6 K 2 | 1 2     :   K M E K A V A A Y S R E L A T V R A G R A S A S V L D K V Q V D Y Y G A P T P V V Q L A N I T V P E A R L L   :   5 4
Q 6 3 T 1 5 | 1 3     :   K M Q R S I E A F K N D L A K I R T G R A H T G L L D H V Q V D Y Y G S M V P I S Q V A N L T L V D A R T I   :   5 4
Q 6 4 Y J 0 | 1 4     :   K M D M A V M Y L E E A L A H I R A G K A S T R L L D G I R V D S Y G S M V P I S N V A A V T T P D A R S I   :   5 4
Q 6 5 J J 6 | 1 2     :   R M Q K A I S A Y Q R E L A T V R A G R A N P S L L D K V A V E Y Y G A Q T P L N Q I A S I T V P E A R M L   :   5 4
Q 6 5 R 7 4 | 1 2     :   R M E K S L E A L K G H I A K I R T G R A Q P S L L D A I Q V D Y Y G S A T P L R Q L A N V V A E D A R T L   :   5 4
Q 6 6 2 P 1 | 1 1     :   K M S K V L L S L D N E Y K T L R T G R I S S N V F D K I F I Q Y H G Q K T P I T Q V S S I R I P E A R L V   :   5 4
Q 6 6 7 J 2 | 1 2     :   R M E K C L E A F Q N H I S K I R T G R A S P S I L D G I Q V E Y Y G T A T P L R Q L A N I V V E D S R T L   :   5 4
Q 6 7 P B 4 | 1 2     :   R M K K A V E V F R Q E L A G M R A N R A T P A L L D K V R V E A Y G S E V P V N N V A T I E V P D P R T L   :   5 4
Q 6 7 X Z 5 | 9 6     :   Q M E A A I D A L S R D L T K L R T G R A A P G M L D H I V V E T G G V K M P L N H L A L V S V L D P K T L   :   5 4
Q 6 8 X L 4 | 1 3     :   K M E K A I K V L G N E L K G L R T G R A S V N F L D S V T V E A Y G S K V P L A Q V A S L S T P D A R T I   :   5 4
Q 6 A 7 K 0 | 1 1     :   K M G S A V D H A R E E F A A I R T G R A N P A M F N K L M V E Y Y G T P T P L Q Q L A S F Q V P E A R T V   :   5 4
Q 6 A E V 4 | 1 4     :   R M S K T L E A A K E D F G T V S A G R A N P A L F Q K V L V D Y Y G S P T P L A Q L A G L Q N P E A R V L   :   5 4
Q 6 A P 3 8 | 1 1     :   R M A K S V E A F K N D L S R V R T G R A S I S I L D D I T V V A Y G S T M P L N Q V A T L T I P E S R M I   :   5 4
Q 6 B L C 3 | 7 7     :   K F K G V I E R F S K Q A N E A K L G K T S P N I F D K L I V E T A N G E V G F T S V A Q T T V K G R N F M   :   5 4
Q 6 C H A 2 | 8 1     :   L S A K S V A A F A A K A K E I K A G N N S P D L I N N I E V K I S K D E V Y Q I K D I A S V A L K G G R T   :   5 4
Q 6 C T R 7 | 6 6     :   Q F E K T L E L H K R K L A E Q K V G T A S P T I F N D L R V G K E G Q K F T E L A A T S L K G R N A L I V   :   5 4
Q 6 D 8 E 0 | 1 2     :   R M D K C V E A F K N Q I N R I R T G R A S P S I L D G I H V E Y Y G S A T P L R Q L A N V V V E D S R T L   :   5 4
Q 6 F 0 R 0 | 1 1     :   Q M E D T V V A W Q E H I K T I R T G R A S A T M L D K V M V N Y Y G T P T P V N Q T A Q I S T P E P Q L L   :   5 4
Q 6 F C H 2 | 1 2     :   R M Q K T L E S L E Q G F A K V R T G R A H P S I L N G V M V P Y Y G S D V P L N Q V A N V G I E D S R T L   :   5 4
Q 6 F T T 8 | 5 9     :   K F D K S L E L Y S K E L T D K R K G S V N A N I F D N L S L K N G A L F K E M A S T T L K G K G S L L V T   :   5 4
Q 6 F Z N 3 | 1 3     :   R M D G A I S A F Q H E L G G L R T G R A S A S L L E P L T V E A Y G S V V H I N Q V A N I S V P E P R M L   :   5 4
Q 6 G 5 C 6 | 1 3     :   R M H G A I S A F K H E L G G L R T G R A S A S L L E P L T V E A Y G S V V H I N Q V A N I S V P E P R M L   :   5 4
Q 6 G M J 7 | 8 6     :   D M A A V L A A L K D D F S R N L S V R T S P G A L D H I T V T T K D G K F P L N Q L G Q I S M K S P Q L L   :   5 4
Q 6 H E Z 1 | 1 2     :   K M E K A V A A Y S R E L A T V R A G R A S A S V L D K V Q V D Y Y G A P T P V V Q L A N I T V P E A R L L   :   5 4
Q 6 K I N 5 | 1 3     :   E M E K A V Q T Y S N Q I A K I S A G K A N P K L I S G I K F I Y Y D E P M S I E E M A A I S V P E A Q Q I   :   5 4
Q 6 L N 2 7 | 1 2     :   R M G K S V D A L K N Q L V K I R T G R A H P S L L D T I Y V E Y Y G A N T P L K Q L A N V V A E D S R T L   :   5 4
Q 6 M 9 Z 9 | 1 0     :   K M I T A I E H L K N D L K N I R T G R A N P G M V E H V M I E V Y G S P M R L K D V A S I S A P E A R Q L   :   5 4
Q 6 N Q M 0 | 9 6     :   Q M E A A I D A L S R D L T K L R T G R A A P G M L D H I V V E T G G V K M P L N H L A L V S V L D P K T L   :   5 4
Q 6 Q 8 T 6 | 1 1     :   K M E K S V T A L K N A F N K I R T G R A N P A I L D D I N V D Y Y G N P T P I N Q T S N I S V E E G R S L   :   5 4
Q 6 U 2 0 0 | - 2 2   :   X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X N I L D N V K V D Y Y G T P T P L N Q V G S V I A Q D A T T I   :   5 4
Q 6 Y T V 7 | 9 3     :   R M E K A I E T V Q N N F N T V R T G R A N P A M L D R I E V E Y Y G T P V N L K S I A Q I N T P D A T S L   :   5 4
Q 7 2 0 A 8 | 1 2     :   K M E K A E Q A L T R Q L G T I R A G R A N A S L L D R L S V D Y Y G A A T P V N Q M A S I S V P E A R M L   :   5 4
Q 7 2 D Q 9 | 1 3     :   R M E K A I A A L E R E F S R L R T G R A S A S L V D G I K V D Y Y G T P T P I S Q V A S V A V P D S R C I   :   5 4
Q 7 2 K E 0 | 1 3     :   H M Q K S L E V L E H N L A G L R T G R A N P A L L L H L K V E Y Y G A H V P L N Q I A T V T A P D P R T L   :   5 4
Q 7 2 U 1 1 | 1 3     :   K M D K T I D L V K K D F G T I R T G R A N P S L V E D I R V D Y Y G N Q T P I N Q L G N I S V P E P R M L   :   5 4
Q 7 3 2 P 5 | 1 2     :   K M E K A V A A Y S R E L A T V R A G R A N A S V L D K V Q V D Y Y G A P T P V V Q L A N I T V P E A R L L   :   5 4
Q 7 5 F 0 2 | 5 2     :   R F Q H T V E L H K K R L G Q M K A G K P D A T M F D G L A V G N E K Q K F T E L A A T S V K G K N M L I V   :   5 4
Q 7 P 3 6 7 | 1 5     :   K M V K T I E A V K E K F T A I R A G R A N V S M L D G V K V E N Y G S E V P L N Q I G T V S A P E A R L L   :   5 4
Q 7 P A U 6 | 1 3     :   K M E K A L K V L D H E L K G L R T G R A S V N L L D S V T V E A Y G S K M P L S Q V A S L S T P D A R T I   :   5 4
Q 7 Q I E 2 | 1 0 1   :   Q M E K S L A A M K D D Y V K N L S L R S T T G S I E T L R I T Y E G K D Y Q L Q E L G Q V V R K N P K T L   :   5 4
Q 7 R F C 9 | 2 4 9   :   K M N K I Y D H I K K E S Y R F N L N N V S S A M F E S E R V K I N E Q I Y T I N H I C H I K K K E N L F I   :   5 4
Q 7 S G 4 8 | - 4     :   X X X X X M K S F R A A N A L L R T N P A A S N A I S R I A A P L V T V S G S P V C Q C L L T T S R T T L P   :   5 4
Q 7 X 8 U 6 | 8 9     :   Q M E A A V V A L S R E L S K L R T G R A S P G M L D H I M V E T T G V K V A L N R L A V V S V L D A H T L   :   5 4
Q 7 X Y 9 7 | 5 7     :   R M Q K T I D S V K S A F N S V R T G R A S P S L L D R I Q V N Y Y G A D T P L N S L A T V S V S G T S T L   :   5 4
Q 8 D Y G 9 | 1 2     :   R F E Q S H Q S L S R E F A G I R A G R A N A S L L D R I Q V E Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
Q 8 E 4 3 2 | 1 2     :   R F E Q S H Q S L S R E F A G I R A G R A N A S L L D R I Q V E Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
Q 8 T 0 M 6 | 8 3     :   Q M Q K S V M Q M K E D F V K H L S L P S T S G A I D T L R I K V D G Q E H E L Q E L A Q I S R K N P K T I   :   5 4
Q 9 6 E 1 1 | 9 1     :   E M K S V I E A L K D N F N K T L N I R T S P G S L D K I A V V T A D G K L A L N Q I S Q I S M K S P Q L I   :   5 4
Q 9 D 6 S 7 | 9 1     :   D M K S V V E A L K D N F N K T L N I R T A P G S L D H I T V V T A D G K V A L N Q I G Q I S M K S P Q V I   :   5 4
Q 9 S G J 1 | 9 5     :   Q M E A A I D A L S R D L T K L R T G R A A P G M L D H I V V E T G G V K M P L N H L A L V S V L D P K T L   :   5 4
Q 9 V S W 4 | 8 3     :   Q M Q K S V M Q M K E D F V K H L S L R S T S G A I D T L R I K V D G Q E H E L Q E L A Q I S R K N P K T I   :   5 4
R R F _ A G R T 5 |   :   R M D G A I N A F K S D I A S L R T G R A S A N I L D P V T I D A Y G S R V P L N Q V A N I T V P E P R M L   :   5 4
R R F _ A N A S P |   :   K M Q H T V E A T Q R A F N T I R T G R A N A S L L D K V L V D Y Y G S P T P L K S L A N I S T P D A T T I   :   5 4
R R F _ A Q U A E |   :   D M K K A V E Y Y K N E I A G L R T S R A S T A L V E E I K V E Y Y G S K V P I K Q L G T I S V P E H N Q I   :   5 4
R R F _ A R A T H |   :   K M E K T I E T L R T S F N S I R T G R S N A A M L D K I E V E Y Y G S P V S L K S I A Q I S T P D G S S L   :   5 4
R R F _ B A C A N |   :   K M E K A V A A Y S R E L A T V R A G R A S A S V L D K V Q V D Y Y G A P T P V V Q L A N I T V P E A R L L   :   5 4
R R F _ B A C C R |   :   K M E K A V A A Y S R E L A T V R A G R A N A S V L D K V Q V D Y Y G A P T P V V Q L A N I T V P E A R L L   :   5 4
R R F _ B A C H D |   :   R M T K A T E A L G R E L A K L R A G R A N P A M L D R I T V E Y Y G A E T P L N Q L A T I S V P E A R L L   :   5 4
R R F _ B A C S U |   :   K M E K A I A A Y Q R E L A T V R A G R A N P S L L D K V T V E Y Y G A Q T P L N Q L S S I N V P E A R M L   :   5 4
R R F _ B A C T N |   :   K M D M A V M Y L E E A L A H I R A G K A S T R L L D G I R V D S Y G S M V P I S N V A A L S T P D A R S I   :   5 4
R R F _ B A R B A |   :   R M D G A I S A F K H E L S G L R T G R A S A S L L E P L T V E A Y G S V V P I K Q V A N I S V L E P R M L   :   5 4
R R F _ B D E B A |   :   K M E K T L N S L S E E L K K V R T G R A Q V S M L D G I R V N Y Y G T P S P L S Q V A S I S T P D A K S F   :   5 4
R R F _ B I F L O |   :   Q M A K T V E N T K E N F S G I R T G R A N P A L L N G I T V D Y Y G A P T P I K A V A S I G V P E P R T L   :   5 4
R R F _ B O R B R |   :   R M A K S L E T L K A S L A K I R T G R A H T G I L D H V Q V E Y Y G S P V P I S Q V A N V N L V D A R T I   :   5 4
R R F _ B O R B U |   :   K M N K V L L S L D N E Y K T L R T G R I S S N I F D R I C I Q Y H D R R T P I T Q V S S I R I P E A R L V   :   5 4
R R F _ B O R P A |   :   R M A K S L E T L K A S L A K I R T G R A H T G I L D H V Q V E Y Y G S P V P I S Q V A N V N L V D A R T I   :   5 4
R R F _ B O R P E |   :   R M A K S L E T L K A S L A K I R T G R A H T G I L D H V Q V E Y Y G S P V P I S Q V A N V N L V D A R T I   :   5 4
R R F _ B R A J A |   :   R M Q G A V Q S L K H E L G G L R T G R A S A S M L D P V Q V E A Y G S H M P L N Q L A T V S V P E P R L I   :   5 4
R R F _ B R U M E |   :   R M E G A V N A L K H D L G G L R T G R A S A S L L E P I T I E A Y G S T M P I N Q V A N I S V P E S R M L   :   5 4
R R F _ B R U S U |   :   R M E G A V N A L K H D L G G L R T G R A S A S L L E P I T I E A Y G S T M P I N Q V A N I S V P E S R M L   :   5 4
R R F _ B U C A I |   :   R M E A C I Q T F H N N I T N I K T G R A S P T L L H N I Y I E Y F G S K T P L R Q V S N I I V E D S H T L   :   5 4
R R F _ B U C A P |   :   K M K V C I N N F Q I Q V N N V R T G R A S P E L L N S I Y V E Y F G S K V P L R Q I S N V V V E N Y H T L   :   5 4
R R F _ B U C B P |   :   K M D H C V H M F V N Q L N T L R S S R A S P S I L D T I L I D Y L G Q K I Q L K K L S N I I V E N V N T L   :   5 4
R R F _ C A M J E |   :   Q S E K S L E A L K K D F T T L R T G K V N I H I L D H I T V D Y Y G T Q T P L N Q V A T V L A S D A S T I   :   5 4
R R F _ C A N B F |   :   N M Q K C I D N F K I N I N K I H V G R I S P D I L S F I K I E Y Y G V I T P L C Q L T N T V V E Q P R T L   :   5 4
R R F _ C A U C R |   :   R M D K A V S A L K E E F G S L R T G R A S A S L L D Q V M V E A Y G S T T P L N A V A S V S V P E P R Q I   :   5 4
R R F _ C H L C V |   :   K M A A A L E F F H K E V R S F R T G K A N P A L V E T V T V D V Y G T T M R L S D L A S I S V A D T R Q L   :   5 4
R R F _ C H L M U |   :   E M S G V L T F F Q K E I R G F R T G K A H P A L V E T V T V E V Y G T T M R L S D I A S I S V S D T R Q L   :   5 4
R R F _ C H L P N |   :   K M A A A L D F F H K E V K S F R T G K A H P A L V E T V V V D V Y G T T M R L S D I A S I S V A D L R Q L   :   5 4
R R F _ C H L T E |   :   R M K K T I E A F Q H E L A S I R T G K A T T A L L D R V K V E A Y G S Q M P L K Q V G N V G V L D A H T L   :   5 4
R R F _ C H L T R |   :   E M V G V L T F F Q K E T R G F R T G K A H P A L V E T V T V E V Y G T T M R L S D I A S I S V S D M R Q L   :   5 4
R R F _ C H R V O |   :   K M Q K T L E A F K N D L A K V R T G R A H T G I L D H V M V D Y Y G S D V P V N Q V A N V T L I D A R T I   :   5 4
R R F _ C L O A B |   :   K M T K S I S A L K K E L T S M K A G R A N P A M L D R I E V D Y Y G T M T P L N Q L A N I S V P E S R V L   :   5 4
R R F _ C L O P E |   :   K M N K T I N S L N S E L A T M K A G R A N P T M L D R I Q V E Y Y G S M C P L N Q V A N V S S P E P R L L   :   5 4
R R F _ C L O T E |   :   K M S K A L L A L K K D L A S L K A G R A N P A M L D K I E A E Y Y G T M T P L S Q L A N I S V P E A R I L   :   5 4
R R F _ C O R D I |   :   H M N T S V E R T R D E L V N I R T G R A N P A M F N G V I A D Y Y G V P T P I T Q M A T I S V P E A R M L   :   5 4
R R F _ C O R E F |   :   R M S N T V E H T R E D L I T I R T G R A N P A M F N G V L A E Y Y G V P T P I T Q M S S I S V P E P R M L   :   5 4
R R F _ C O R G L |   :   R M T A T V E H T R E D L T T I R T G R A N P A M F N G V M A E Y Y G V P T P I T Q M S G I T V P E P R M L   :   5 4
R R F _ C O X B U |   :   R M E K S L G S L K T E L A K L R T C R A H P S L L E H I K V D Y Y N V E T P L S Q V A S I A I E N P R T L   :   5 4
R R F _ D A U C A |   :   R M E K T I E N V K A S F N S I R T X R S N P D M L D K I K V E Y Y G T P T S L K S I A Q I S T P D S S S L   :   5 4
R R F _ D E I R A |   :   K M N K A I E A F E N N L S V L R T G R A N P G I L K K I V V D Y Y G S Q M P I D Q V A S I T T P D P R T L   :   5 4
R R F _ E C O L I |   :   R M D K C V E A F K T Q I S K I R T G R A S P S L L D G I V V E Y Y G T P T P L R Q L A S V T V E D S R T L   :   5 4
R R F _ E N T F A |   :   K M T K A E E S L R R E L G Q I R A G R A N A S L L D R I Q V E Y Y G A P T P V N Q L A S I N I P E A R V L   :   5 4
R R F _ F U S N N |   :   K M V K T I E A V K E K F T A I R A G R A N V S M L D G I K V E N Y G S E V P L N Q I G T V S A P E A R L L   :   5 4
R R F _ G E O S L |   :   H M E K S V E S L R R E Y Q K V R T G R A N T G L L D E I R V D F Y G N P S P L N Q V A T L A V P E P R T I   :   5 4
R R F _ G L O V I |   :   D M R K A I E A T A G N F A T I R T G R A S T S L L D R I N V E Y Y G Q P T P L K T L A T I T T P D A S T V   :   5 4
R R F _ H A E D U |   :   R M E K S L E A L K S H I S K I R T G R A Q P S L L D G I Q V E Y Y G S A T P L R Q V A N V V A E D A R T L   :   5 4
R R F _ H A E I N |   :   R M E K S L E A L K G H I S K I R T G R A Q P S L L D A I Q V E Y Y G A A T P L R Q L A N V V A E D A R T L   :   5 4
R R F _ H E L H P |   :   H M D K S I E S L R R D F S T L R S G K V S V N I L D N V R V D Y Y G T P T P L N Q V G S V I A Q D A T T I   :   5 4
R R F _ H E L P J |   :   L M Q K S I Q A L N R D F S T L R S A K V S V N I L D H I K V D Y Y G T P T A L N Q V G S V M S L D A T T L   :   5 4
R R F _ H E L P Y |   :   L M Q K S I Q A L N R D F S T L R S A K V S V N I L D H I K V D Y Y G T P T A L N Q V G S V M S L D A T T L   :   5 4
R R F _ L A C J O |   :   N M K K S I A V F Q K E L G G I R A G V A N A S L L D G I K V N Y Y G V P T P L T Q M S S V S I P E A R V L   :   5 4
R R F _ L A C L A |   :   R M K Q S L G S L Q R D L G H I R A G R A N A S L L D R V Q V V Y Y G A P T P L N Q L A S I T I P E A R V L   :   5 4
R R F _ L A C P L |   :   R M K K A E A A L Q R E L G N I R A G R A N A S L L N R I S A D Y Y G A Q T P L N Q M A A I T V P E P R V L   :   5 4
R R F _ L A C R E |   :   K M A K S G D A L R R T L A D I R A G R A N A S L L N G V K V D Y Y G A P T P L N Q V A S I T I P E A R Q L   :   5 4
R R F _ L E P I N |   :   K M D K T I D L V K K D F G T I R T G R A N P S L V E D I R V D Y Y G N Q T P I N Q L G N I S V P E P R M L   :   5 4
R R F _ L I S I N |   :   K M E K A E Q A L T R Q L G T I R A G R A N A S L L D R L T V D Y Y G A A T P V N Q M A S I S V P E A R M L   :   5 4
R R F _ L I S M O |   :   K M E K A E Q A L T R Q L G T I R A G R A N A S L L D R L S V D Y Y G A A T P V N Q M A S I S V P E A R M L   :   5 4
R R F _ M Y C B O |   :   K M E K A V A V A R D D L S T I R T G R A N P G M F S R I T I D Y Y G A A T P I T Q L A S I N V P E A R L V   :   5 4
R R F _ M Y C G A |   :   N A N S I I N W F E G E L A K V R S G R A N L K I L D N V R A E Y Y G E Q T P L I E M A S L S I P E P R E I   :   5 4
R R F _ M Y C L E |   :   K M E K A V S V A R E D L S M I R T G R A N P G M F S R L V I D Y Y G S A T P I T Q L A S I N V P E A R L V   :   5 4
R R F _ M Y C M S |   :   Q M K E T I D A Y V I H L R Q I R T G K A S G A I L D K V M V N Y Y G S L M P L N Q I S Q I T T P E P N L I   :   5 4
R R F _ M Y C P A |   :   K M E K A V A V A R D D L S T I R T G R A N P G M F S R I V I D Y Y G A A T P I T Q L A S I N V P E A R L V   :   5 4
R R F _ M Y C P E |   :   K A E V K L E W L D S E F N K I K S G R P N P K I L D H V M V E A Y G D K S K L F E I A N M Q V V E G K Q I   :   5 4
R R F _ M Y C P N |   :   T A D K K F Q W L K E E L S K I R T G R P N P K L F D N L L V E S Y G D R M P M V A L A Q I A V N P P R E I   :   5 4
R R F _ M Y C P U |   :   K S M N V V S N F E F N L S K I S T G R A N P Q L I K N I K V S Y Y E E L I P L E Q I S N I S V P E P Q Q L   :   5 4
R R F _ M Y C T U |   :   K M E K A V A V A R D D L S T I R T G R A N P G M F S R I T I D Y Y G A A T P I T Q L A S I N V P E A R L V   :   5 4
R R F _ N E I M A |   :   K M Q R S V E V L K E N L A K V R T G R A H T G L L D Q V E V E Y W G S M V P V S Q V A N V T L L D A R T I   :   5 4
R R F _ N E I M B |   :   K M Q R S V E V L K E N L A K V R T G R A H T G L L D Q V E V E Y W G S M V P V S Q V A N V T L L D A R T I   :   5 4
R R F _ N I T E U |   :   K M Q K S L D A L K V D F S K V R S G R P H T G L L D H I M V D Y Y G T P T P I K Q L A N V T L A D A R T I   :   5 4
R R F _ O C E I H |   :   K M E Q A V Q A L S K N L A S V R A G R A N P S I L D S V F V D Y Y G A S T P L N Q L A S V G A P E A R L L   :   5 4
R R F _ P A R Z E |   :   R M K G A M D S L R A E F A S L R T G R A S A S M V E P V Q V E A Y G Q M T P I N Q V G T V N V P E P R M V   :   5 4
R R F _ P A S M U |   :   R M E K S L E T F K N H I A K V R T G R A Q P S L L D G I Q V E Y Y G S P T P L R Q L A N V V A E D A R T L   :   5 4
R R F _ P H O L L |   :   R M E K S V E A L K N Q I S K V R T G R A S P S L L D G I I V E Y Y G A P T P L R Q L A N V I A E D A R T L   :   5 4
R R F _ P O R G I |   :   N M E K A V E Y L D E Q L S H V R A G K A S P K L L D G I M V M Y Y G N A T P L T Q V A S I N T P D A K T I   :   5 4
R R F _ P R O M A |   :   N M Q K S V E A C Q R N F N T I R T G R A N T S L L D R L T V E Y Y G A D T P L K S L A T I S T P D S Q T L   :   5 4
R R F _ P R O M M |   :   N M H K S V E A T Q R N F A T I R T G R A N P S L L D R I N V E Y Y G T E T P L K S L A T I S T P D S Q T I   :   5 4
R R F _ P R O M P |   :   S M N K S V E A T Q R N F N T I R T G R A N A S L L D R I S V E Y Y G A E T P I K S L A S I S T I D S Q T I   :   5 4
R R F _ P S E A E |   :   R M G K T L E A L G H A F A K I R T G R A H P S I L D S V M V S Y Y G A D T P L R Q V A N V T V E D S R T L   :   5 4
R R F _ P S E P K |   :   R M G K S I E A L S R N L A A I R T G R A H P S I L D S V K V T A W G S E M P L N Q V A A I T V E D A R T L   :   5 4
R R F _ P S E S M |   :   R M Q K S L E S L T H A F T R I R T G K A H P S I L G G V M V P Y Y G A D T P L S Q V A N V T V K D S R T L   :   5 4
R R F _ R A L S O |   :   K M Q K S I D A F K A D L A K V R T G R A H T G L L D H V Q V D Y Y G S M V P I S Q V A N L G L A D A R T I   :   5 4
R R F _ R H I L O |   :   R M D G A I A A F K H D L A S L R T G R A S S N L L D A I Q V Q A Y G T T M P I N Q V A N V T V P E P R M I   :   5 4
R R F _ R H I M E |   :   R M D G A I A A F K H D I A S L R T G R A S A N V L D P V T V E A Y G S R M P L N Q V A N I T V P E S R M L   :   5 4
R R F _ R H O B A |   :   R M D K A V S V L Q N N L S G I R T G R A N P G L V D S I K V E V Y G S L T P L K Q L A S I G T P E P Q Q I   :   5 4
R R F _ R H O P A |   :   R M Q G A A Q S L K H E L G G L R T G R A S A S M L E P V Q V D A Y G S H M P L N Q V A T V S V P E P R L I   :   5 4
R R F _ R I C C N |   :   K M E K A L K V L D H E L K G L R T G R A S V N L L D S V T V E A Y G S K M P L S Q V A S L S T P D A R T I   :   5 4
R R F _ R I C P R |   :   K M E K A I K V L G N E L K G L R T G R A S I N F L D S V T V E A Y G S K I P L S Q V A S L S T P D A R T I   :   5 4
R R F _ S A L T I |   :   R M E K C V E A F K T Q I S K V R T G R A S P S L L D G I V V E Y Y G T P T P L R Q L A S V T V E D S R T L   :   5 4
R R F _ S A L T Y |   :   R M E K C V E A F K T Q I S K V R T G R A S P S L L D G I V V E Y Y G T P T P L R Q L A S V T V E D S R T L   :   5 4
R R F _ S H E O N |   :   R M G K C V D A T K N Q M A K V R T G R A H P S L L D S I Q V S Y Y G T M T P L N Q V A N V G V E D A R T L   :   5 4
R R F _ S P I O L |   :   R M E K T I E T I R S N F N S V R T N R A S P T M L D R I E V E Y Y G T P V S L K S I A Q I S T P D A S S L   :   5 4
R R F _ S T A A M |   :   R M Q K S I E S L S R E L A N I S A G R A N S N L L N G V T V D Y Y G A P T P V Q Q L A S I N V P E A R L L   :   5 4
R R F _ S T A A R |   :   R M Q K S I E S L S R E L A N I S A G R A N S N L L N G V T V D Y Y G A P T P V Q Q L A S I N V P E A R L L   :   5 4
R R F _ S T A A S |   :   R M Q K S I E S L S R E L A N I S A G R A N S N L L N G V T V D Y Y G A P T P V Q Q L A S I N V P E A R L L   :   5 4
R R F _ S T A E P |   :   R M Q K S I D N L S R E L A N I S A G R A N S N L L N G V T V D Y Y G A P T P V Q Q L A S I N V P E A R L L   :   5 4
R R F _ S T R A 3 |   :   R F E Q S H Q S L S R E F A G I R A G R A N A S L L D R I Q V E Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R A 5 |   :   R F E Q S H Q S L S R E F A G I R A G R A N A S L L D R I Q V E Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R A W |   :   K M E K A V V V A K E D F A A I R T G R A H P A M F N K I V A D Y Y G A L T P I N Q L A S F S V P E P R M A   :   5 4
R R F _ S T R C O |   :   K M E K A V V V A K E D F A A I R T G R A H P A M F N K I V A E Y Y G A P T P I N Q L A S F S V P E P R M A   :   5 4
R R F _ S T R M U |   :   R F E Q S H Q S L A R E F G S I R A G R A N A S L L D R I E V E Y Y G V P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R P 8 |   :   R F A Q S H Q S L S R E Y A S I R A G R A N A S L L D R I Q V D Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R P N |   :   R M T Q S H Q S L A R E F G G I R A G R A N A S L L D R V H V E Y Y G V E T P L N Q I A S I T I P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R P Y |   :   R F A Q S H Q S L S R E Y A S I R A G R A N A S L L D R I Q V D Y Y G A P T P L N Q L A S I T V P E A R V L   :   5 4
R R F _ S T R R 6 |   :   R M T Q S H Q S L A R E F G G I R A G R A N A S L L D R V H V E Y Y G V E T P L N Q I A S I T I P E A R V L   :   5 4
R R F _ S Y N E L |   :   R M Q K S V E A T Q H D F N S I R T G R A N A A L L D R V M V D Y Y G T E T P L R S L A N V S T P D A T T I   :   5 4
R R F _ S Y N P X |   :   S M R K S V E A T Q R N F N T I R T G R A N S S L L D R I S V E Y Y G A E T P L K S L A T L S T P D S Q T I   :   5 4
R R F _ S Y N Y 3 |   :   H M Q K S V E A T Q R S F N T I R T G R A N A S L L D R I T V E Y Y G A E T P L K S L A T I G T P D A S T I   :   5 4
R R F _ T H E M A |   :   K M K R T L E K I E D E L R K M R T G K P S P A I L E E I K V D Y Y G V P T P V N Q L A T I S I S E E R T L   :   5 4
R R F _ T H E T H |   :   H M Q K S L E V L E H N L A G L R T G R A N P A L L L H L K V E Y Y G A H V P L N Q I A T V T A P D P R T L   :   5 4
R R F _ T H E T N |   :   R M K K T L N V L K S E L A A I R A G R A N P A L L D R I T V N Y Y G T P T P L N R L A T I T A P E P R V L   :   5 4
R R F _ T R E D E |   :   K M K K T V V A L K E E F N M L R T G R A S S A L F D K I R V N C Y G E S T P L N Q L A N I S I P E A R L V   :   5 4
R R F _ T R E P A |   :   K M K K S L S A L Q E G F N T L R T E R A T A H L L D Q I T V D Y Y Q Q P T A L S Q V A T V S V P E A R L I   :   5 4
R R F _ U R E P A |   :   E F E L V L K W M H N E F I K L R T G R A T P A I L D G I L V N Y Y G S M M P I N Q L A N I S V P E P R V L   :   5 4
R R F _ V I B C H |   :   R M E K S V E A L K N G L S K I R T G R A H P S L L T G I S V D Y Y G A P T P L N Q V A N V I A E D A R T L   :   5 4
R R F _ V I B P A |   :   R M D K S V E A L K N N L S K V R T G R A H P S L L S G I S V E Y Y G A A T P L N Q V A N V V A E D A R T L   :   5 4
R R F _ V I B V Y |   :   R M E K S V E A L K N S L S K V R T G R A H P S L L S G I S V D Y Y G A A T P L T Q V A N V I A E D A R T L   :   5 4
R R F _ W I G B R |   :   R M K K S I D F F K K N I S K I R T N R V S P S L I E N I Y I N C Y G T S V P L S K L S N I L S E K S N I L   :   5 4
R R F _ W O L P M |   :   R M L K T I Q S F H D D I K G V R T G R A S A S L L D G I V V N I Y G G H Q K L N Q V A G V S V I D N K T L   :   5 4
R R F _ W O L S U |   :   H M E K T I D A M K R D F A T L R T G K V S T A I V E P I R V D Y Y G T P T P L S Q V G S V I A S D A T T L   :   5 4
R R F _ X A N A C |   :   R M T K S I D A L R H S L T T I R T G R A S P A L L D G I K V K A Y G A D T P L N Q V A S I S V S E G R S L   :   5 4
R R F _ X A N C P |   :   R M T K S I D A L R H S L T T V R T G R A S P A L L D N I K V K A Y G T D T P L N Q V A S I S V S E G R S L   :   5 4
R R F _ X Y L F A |   :   R M T K S I D A L R N S L A S V R T G R A S P S L L D G I K I K A Y G T D T P L N Q V A S I S V S E G R S L   :   5 4
R R F _ X Y L F T |   :   R M T K S I D A L R N S L A S V R T G R A S P S L L D G I K I K A Y G T D T P L N Q V A S I S V S E G R S L   :   5 4
R R F _ Y E R P E |   :   R M E K C L E A F Q N H I S K I R T G R A S P S I L D G I Q V E Y Y G T A T P L R Q L A N I V V E D S R T L   :   5 4
R R F _ Z Y M M O |   :   R I K G A V E S L K S D F S G L R T G R A S T S L L D P V T V D V Y G A N M P L N Q V A T V S V P E P R M I   :   5 4
Y O K 3 _ C A E E L   :   X X X X X X X X X X M M A E S V Q P T G R A V R R L E P L A I E I P G E P E P S N S Y D A F C D R H F S A E   :   5 4
                            6       6                   6 4   G 4 A       6 6     6   6     5 G       P 6     6 a   6               6          
  • Описание блока:
    • Идентификатор — IPB002661A;
    • Количество последовательностей — 190;
    • Ширина — 54;
  • Веб-страница блока
  • Раскраска колонок проведена в соответствии с уровнями консервативности:
    более 80% — оранжевый
    более 60% — желтый
    более 40% — голубой
    менее 40% — белый

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока P002661A из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
Thr – Thr 19737 0,021 0,073 0,073 4
Thr– Ala 16217 0,017 0,073 0,099 1
Thr– Val 11765 0,013 0,073 0,080 0
В таблице использовались следующие обозначения:
nαβ — число совпадений данной пары аминокислот в блоке P002661A
Pαβ — отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот
qα и qβ— частоты встречаемости аминокислот
sαβ— вес указанной замены

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS


nαβ — число совпадений данной пары аминокислот в 200 блоках белков
Pαβ — отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот
qα и qβ— частоты встречаемости аминокислот
sαβ— вес указанной замены
Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
Thr–Thr 1940188 0,007 0,049 0,049 3
Thr–Ala 1664429 0,008 0,049 0,085 0
Thr–Val 3304509 0,014 0,049 0,066 0

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот Блок IPB002661A 200 блоков BLOSUM62
Thr–Thr 4 3 5
Thr–Ala 1 0 0
Thr–Val 0 0 0
  • Как видно из таблицы, значения весов аминокислотных замен по разным блокам различаются, но не значительно. Это может быть связано с несколькими причинами:
    • более точные значения получились в 200 блоках, т.к. в нем использовано большее количество белков, что уменьшает погрешность в вычислениях
    • аминокислоты в белках блоков IPB002661A и BLOSUM62 встречаются с равной частотой
  • Выводы: при совпадении аминокислот (T-T) вес замены будет наибольшим, среднем при замене на родственную(Т-V или T-A) и наименьшим при замене на неродственную(таких я не сравнивала)

© Карпусь Ольга, 2004