Второй семестр

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка RRF_ECOLI

Матрица попарного сходства последовательностей выборки

 
                 RRF_ERWCT  RRF_YERPS  RRF_ECOLI  RRF_PASMU  RRF_HAEIN  RRF_VIBCH  RRF_SHEON  RRF_IDILO  RRF_PSEAE  RRF_BORBR 

 RRF_ERWCT        100%                                                                                                   

 RRF_YERPS         84%       100%                                                                                        

 RRF_ECOLI         78%        78%       100%                                                                             

 RRF_PASMU         75%        75%        67%       100%                                                                  

 RRF_HAEIN         71%        75%        66%        87%       100%                                                       

 RRF_VIBCH         69%        68%        68%        75%        74%       100%                                            

 RRF_SHEON         64%        68%        64%        64%        63%        68%       100%                                 

 RRF_IDILO         64%        65%        61%        64%        63%        68%        62%       100%                      

 RRF_PSEAE         64%        66%        62%        60%        58%        63%        62%        64%       100%           

 RRF_BORBR         52%        52%        53%        54%        52%        55%        50%        48%        54%       100%

Множественное выравнивание с выделенными консервативными позициями
                                                                                                                                                   
                                *       1 0         *       2 0         *       3 0         *       4 0         *       5 0         *              
R R F _ E R W C T   :   - M T N E I R K D A E T R M D K C V E A F K N Q I N R I R T G R A S P S I L D G I H V E Y Y G S A T P L R Q L A   :     5 5
R R F _ Y E R P S   :   - M I N E I R K D A E V R M E K C L E A F Q N H I S K I R T G R A S P S I L D G I Q V E Y Y G T A T P L R Q L A   :     5 5
R R F _ E C O L I   :   - M I S D I R K D A E V R M D K C V E A F K T Q I S K I R T G R A S P S L L D G I V V E Y Y G T P T P L R Q L A   :     5 5
R R F _ P A S M U   :   - M I N E I K K D T Q L R M E K S L E T F K N H I A K V R T G R A Q P S L L D G I Q V E Y Y G S P T P L R Q L A   :     5 5
R R F _ H A E I N   :   - M L N Q I K K D A Q D R M E K S L E A L K G H I S K I R T G R A Q P S L L D A I Q V E Y Y G A A T P L R Q L A   :     5 5
R R F _ V I B C H   :   - M I N E I K K D A Q E R M E K S V E A L K N G L S K I R T G R A H P S L L T G I S V D Y Y G A P T P L N Q V A   :     5 5
R R F _ S H E O N   :   - M I A D I K K D A Q E R M G K C V D A T K N Q M A K V R T G R A H P S L L D S I Q V S Y Y G T M T P L N Q V A   :     5 5
R R F _ I D I L O   :   - M I K E T I E D A K D R M E K S V E S L R S Q M S K V R T G R A H P S I L D S V M V N Y Y G T D T P L K Q L A   :     5 5
R R F _ P S E A E   :   - M I N E I K K E A Q E R M G K T L E A L G H A F A K I R T G R A H P S I L D S V M V S Y Y G A D T P L R Q V A   :     5 5
R R F _ B O R B R   :   M S V A D I R K S A E T R M A K S L E T L K A S L A K I R T G R A H T G I L D H V Q V E Y Y G S P V P I S Q V A   :     5 6
                          m       i   k d a     R M   K   6 e               4 6 R T G R A   p s 6 L d   6   V   Y Y G     t P 6   Q 6 A            
                                                                                                                                                   
                            6 0         *       7 0         *       8 0         *       9 0         *     1 0 0         *     1 1 0                
R R F _ E R W C T   :   N V V V E D S R T L A I S V F D R S L S P A V E K A I M A S D L G L N P S S A G T V I R V P L P P L T E E R R K   :   1 1 1
R R F _ Y E R P S   :   N I V V E D S R T L A L T V F D R S L S A A V E K A I M T S D L G L N P S S A G T V I R V P L P A L T E E R R K   :   1 1 1
R R F _ E C O L I   :   S V T V E D S R T L K I N V F D R S M S P A V E K A I M A S D L G L N P N S A G S D I R V P L P P L T E E R R K   :   1 1 1
R R F _ P A S M U   :   N V V A E D A R T L A V T V F D R S L I S A V E K A I L T S D L G L N P S S A G T T I R V P L P P L T E E R R R   :   1 1 1
R R F _ H A E I N   :   N V V A E D A R T L A V T V F D R S L I S A V E K A I L T S D L G L N P S S A G T T I R V P L P P L T E E R R R   :   1 1 1
R R F _ V I B C H   :   N V I A E D A R T L A I T V F D R E L T Q K V E K A I L M S D L G L N P M S A G T I I R V P L P P L T E E R R R   :   1 1 1
R R F _ S H E O N   :   N V G V E D A R T L S V T V F D R S A I Q A V E K A I M S S D L G L N P M S A G A T L R I P L P A L T E E R R K   :   1 1 1
R R F _ I D I L O   :   N I T T E D S R T L A L T V F D K S A S A A V E K A I I N S D L G L N P A S A G A V I R I P L P P L T E E R R R   :   1 1 1
R R F _ P S E A E   :   N V T V E D S R T L A L A V F D K S M I Q A V E K A I M T S D L G L N P A T A G T T I R V P M P A L T E E T R K   :   1 1 1
R R F _ B O R B R   :   N V N L V D A R T I S V Q P Y E K S M A G P I E K A I R E S D L G L N P V S M G E T I R V P M P A L T E E R R R   :   1 1 2
                        n 6     e D   R T 6   6   v 5 d 4 s       a 6 E K A I     S D L G L N P   3 a G     6 R 6 P 6 P   L T E E r R 4            
                                                                                                                                                   
                            *     1 2 0         *     1 3 0         *     1 4 0         *     1 5 0         *     1 6 0         *     1            
R R F _ E R W C T   :   D L I K V V R G E A E Q G R I S V R N V R R D A N D K F K A L L K D K A I S E D E E R R A Q D D V Q K L T D N F   :   1 6 7
R R F _ Y E R P S   :   D L I K V V R A E A E Q G R V S I R N V R R D A N D K V K A L L K D K E I S E D E D R R S Q D D V Q K L T D A Y   :   1 6 7
R R F _ E C O L I   :   D L T K I V R G E A E Q A R V A V R N V R R D A N D K V K A L L K D K E I S E D D D R R S Q D D V Q K L T D A A   :   1 6 7
R R F _ P A S M U   :   D L I K I V K G E A E Q G K I A V R N V R R D A N D Q I K A L L K D K E I S E D E E R K A Q D E I Q K I T D T F   :   1 6 7
R R F _ H A E I N   :   D L I K I V K G E G E Q G K V A V R N V R R D A N D K I K A L L K D K E I S E N E Q H K A E E E I Q K I T D I Y   :   1 6 7
R R F _ V I B C H   :   D L V K I V R G E A E G G R V A V R N I R R D A N N D L K A L L K D K E I S E D D E R R A Q E E I Q K L T D A A   :   1 6 7
R R F _ S H E O N   :   D F I K V V R A E A E G G R V A I R N V R R D A I S D V K K L E K A K E C T E D D V R R F E D E V Q K F T D A H   :   1 6 7
R R F _ I D I L O   :   D L V K I V R A E A E N G R I A V R N I R R D A N G D I K D L L K E K E I T E D E E R N A E E E I Q K L T D K F   :   1 6 7
R R F _ P S E A E   :   G Y T K Q A R A E A E Q A R V S V R N I R R D A L A Q L K D L Q K E K E I S E D E E R R A G D D V Q K L T D K F   :   1 6 7
R R F _ B O R B R   :   D L T K V V K S E G E D A K V A V R N L R R E A N E A L K K L V K D K E I S E D D E R R A Q D D V Q K L T D R A   :   1 6 8
                        d l   K   v 4   E a E     4 6   6 R N 6 R R d A n       K   L   K   K e i 3 E 1     r           6 Q K   T D                
                                                                                 
                        7 0         *     1 8 0         *     1 9 0              
R R F _ E R W C T   :   I K K V D V A L A E K E A E L M E F - - - - -   :   1 8 5
R R F _ Y E R P S   :   I K K V D A A L A V K E A E L M D F - - - - -   :   1 8 5
R R F _ E C O L I   :   I K K I E A A L A D K E A - - - - - - - - - -   :   1 8 0
R R F _ P A S M U   :   V K K V D E V L A D K E K E L L D F - - - - -   :   1 8 5
R R F _ H A E I N   :   I K K V D E V L A D K E K E L M D F - - - - -   :   1 8 5
R R F _ V I B C H   :   V K K I D D V L A A K E K E L M E V - - - - -   :   1 8 5
R R F _ S H E O N   :   I K K V D E I L A A K E I E L M E V - - - - -   :   1 8 5
R R F _ I D I L O   :   V K Q I D E A L K A K E A D L M E I - - - - -   :   1 8 5
R R F _ P S E A E   :   I G E I E K A L E A K E A D L M A V - - - - -   :   1 8 5
R R F _ B O R B R   :   V G D I D K M I V Q K E A E I M T V E L M Q F   :   1 9 1
                        6 k   6 d     6     K E                                  

Красным цветом отмечены консервативные на 100% аминокислоты, а желтым — консервативные на 80%.

Изображение 3D-структуры белка RRF_ECOLI с отмеченными консервативными остатками

Область контакта с лигандом (расстояние от лиганда 5 ангстрем) консервативна на 100%. То есть все аминокислотные остатки эволюционно закреплены. Это весьма обоснованно, ведь в связывании лиганда участвует немного аминокислот, а замена ее (а значит и снижение консервативности) даже на близкородственную, могла бы привести к невозможности связывания белка с лигандом.

© Карпусь Ольга, 2004