Эволюционная модель

Данное дерево построено по скобочной формуле (((А:58,В:58):7,(С:40,(D:20,Е:20):20):25):35,F:100), где расстояния между вершинами даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков

Длина гена белка RRF_ECOLI 558 нуклеотидов

 

Текст скрипта

 
msbar g1.fasta F.fasta -point 4 -count 558 -auto
msbar g1.fasta 2.fasta -point 4 -count 195 -auto
msbar 2.fasta 5.fasta -point 4 -count 39 -auto
msbar 2.fasta 3.fasta -point 4 -count 139 -auto
msbar 3.fasta C.fasta -point 4 -count 224 -auto
msbar 3.fasta 4.fasta -point 4 -count 112 -auto
msbar 4.fasta D.fasta -point 4 -count 112 -auto
msbar 4.fasta E.fasta -point 4 -count 112 -auto
msbar 5.fasta A.fasta -point 4 -count 324 -auto
msbar 5.fasta B.fasta -point 4 -count 324 -auto
Параметр -point 4 задает замену нуклеотидов, параметр -auto позволяет не задавать 
больше никаких параметров.

Другие задания 11 практикума


© Карпусь Ольга, 2004