Третий семестр
Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов
Варианты реконструкции дерева |
|
+----------------------A
+----3
! +----------------------B
+-------------4
! ! +---------------C
! +-----------2
--5 ! +---------D
! +-----1
! +---------E
!
+-----------------------------------------F
(((A:0.39360,B:0.39360):0.07067,(C:0.27690,(D:0.17205,E:0.17205):0.10485):0.18737):0.24094,
F:0.70521);
|
Дерево построено по методу UGPMA с помощью программы eneighbor |
+---------------C
+-----------2
! ! +----------D
! +------1
! +--------E
!
--4--------------------------------------------------------F
!
! +------------------------A
+--3
+----------------------B
((C:0.26830,(D:0.18588,E:0.15823):0.11345):0.19777,F:0.94952,(A:0.40772,
B:0.37948):0.05362);
|
Дерево построено по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor |
+--------B
!
! +-------------------------------------F
! +--4
! ! ! +--E
--1----2 +--3
! ! +---D
! !
! +----C
!
+---------A
(B:0.44497,((F:1.88199,(E:0.17330,D:0.19352):0.05983):0.10875,
C:0.26999):0.26352,A:0.51941);
|
Дерево построено по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood)с помощью программы ednaml |
+-----------F
!
! +--E
+--5 +--4
! ! +--3 +--D
! ! ! !
--1 +--2 +-----C
! !
! +--------B
!
+--------------A
((F,(((E,D),C),B)),A)
|
Дерево построено по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars |
| Ветвь | Исходное дерево модели |
UPGMA | NJ | ML | Parsimony |
| ABCDEF | |||||
| 110000 | + | + | + | + | - |
| 001110 | + | + | + | - | + |
| 000110 | + | + | + | + | + |
| 000111 | - | - | - | + | - |
| 011110 | - | - | - | - | + |
© Карпусь Ольга, 2005