Третий семестр
Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов
Варианты реконструкции дерева |
|
+----------------------A +----3 ! +----------------------B +-------------4 ! ! +---------------C ! +-----------2 --5 ! +---------D ! +-----1 ! +---------E ! +-----------------------------------------F (((A:0.39360,B:0.39360):0.07067,(C:0.27690,(D:0.17205,E:0.17205):0.10485):0.18737):0.24094, F:0.70521); |
Дерево построено по методу UGPMA с помощью программы eneighbor |
+---------------C +-----------2 ! ! +----------D ! +------1 ! +--------E ! --4--------------------------------------------------------F ! ! +------------------------A +--3 +----------------------B ((C:0.26830,(D:0.18588,E:0.15823):0.11345):0.19777,F:0.94952,(A:0.40772, B:0.37948):0.05362); |
Дерево построено по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor |
+--------B ! ! +-------------------------------------F ! +--4 ! ! ! +--E --1----2 +--3 ! ! +---D ! ! ! +----C ! +---------A (B:0.44497,((F:1.88199,(E:0.17330,D:0.19352):0.05983):0.10875, C:0.26999):0.26352,A:0.51941); |
Дерево построено по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood)с помощью программы ednaml |
+-----------F ! ! +--E +--5 +--4 ! ! +--3 +--D ! ! ! ! --1 +--2 +-----C ! ! ! +--------B ! +--------------A ((F,(((E,D),C),B)),A) |
Дерево построено по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars |
Ветвь | Исходное дерево модели |
UPGMA | NJ | ML | Parsimony |
ABCDEF | |||||
110000 | + | + | + | + | - |
001110 | + | + | + | - | + |
000110 | + | + | + | + | + |
000111 | - | - | - | + | - |
011110 | - | - | - | - | + |
© Карпусь Ольга, 2005