Классификация функций. Ферменты.

Номенклатура IUPAC

Информация получена с сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY)

Заданный код — EC 5.3.1.9.

Расшифровка:

5 — Isomerases: катализируют конформационные изменения молекулы

5.3 — Intramolecular Oxidoreductases: вызывают окисление одной части молекулы с восстановлением другой части

5.3.1 — sugar isomerases: включают преобразование ферментов, в сахарный ряд, альдоз к кетозам и наоборот

5.3.1.9 — glucose-6-phosphate isomerase: также катализует конформационные изменения D-глюкозы 6-фосфата

Информация специализированного ресурса Brenda

Так выглядит ферментативная реакция:

Известно 502 фермента с кодом 5.3.1.9.

Ингибитор ферментов (2-Deoxyglucose 6-phosphate):

Активаторов ферментов не найдено.

Оптимум pH — 3-9,5

С данным ферментом связаны такие болезни, как адренолейкодистрофия, инсулин-независимый диабет, дефицит глюкозо-фосфатной изомеразы, анемия, а также псориаз и меннингит.

Встречаются димерные и тетрамерные субъединичные структуры фермента.

Посттрансляционных модификаций нет.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Организм	ID организма	Положение домена из Pfam (PF00342) в аминокислотной последовательности фермента
Escherichia coli K-12	G6PI_ECOLI	52 – 541
Homo sapiens	G6PI_HUMAN	53 – 545
Methanococcus jannaschii	G6PI_METJA	–

Для получения последовательностей доменов и проведения выравниваний были использованы следующие команды UNIX:

extractseq sw:G6PI_ECOLI extractseq sw:G6PI_HUMAN needle G6PI_ecoli.fasta G6PI_human.fasta human_ecoli.needle

Для программы extractseq в качестве дополнительных данных были использованы границы доменов.
Параметры программы needle были взяты по умолчанию.

Выравнивания:

Escherichia coli K-12—Homo sapiens

Идентичность выравниваний не очень высокая – 68.6 %, однако домены выравнялись довольно хорошо, т.к., во-первых, совпадают большие участки последовательности, а во-вторых, на несовпадающих участках часто имеются родственные аминокислоты, например, лейцин и изолейцин, валин и лейцин, аспарагин и аспарагиновая кислота.

Что можно найти в ENZYME?

ENZYME — это база данных ферментативной номенклатуры Швейцарского Института Биоинформатики.
Для каждого типа ферментов (соответствующего определённому коду по ферментативной номенклатуре) в базе данных содержится следующая информация:

Код EC
Основное название
Альтернативные названия
Каталитическая активность
Кофакторы
Указатели на записи банка данных Swiss-Prot, содержащих информацию о данном ферменте
Указатели на болезни, связанные с дефектом фермента
Комментарии