На страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Поиск выбранного термина среди терминов GO

Результаты:
  1. Термин: lipoprotein biosynthesis — биосинтез липопротеинов.
  2. Идентификатор GO: GO:0042158
  3. Количество синонимов: 3
  4. Определение термина: Химические реакции и пути, приводящие к образованию любого связанного с липидом или липидами, растворимого в воде белка.
  5. Количество родителей: 2 — связь is_a.
  6. Количество дочерних терминов: 0.

    На полученном графе, представляющем родственные отношения всех запрашиваемых хитов, нет примеров связи part_of.
    Связь is_a отличается от связи part_of тем, что родительский термин может не содержать дочерний в случае связи part_of, в то время как в случае связи is_a это всегда так.

    Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

    Протеом Rattus norvegicus Результаты поиска в UniProt, 17.05.2006 г.

    Что искали: Запрос Найденное количество белков
    Белки из данного организма (Rattus norvegicus) "(([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) " 14808
    В т.ч. с идентификаторами всех 3-х онтологий GO "((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & ((([uniprot-DBxref:F:*] & [uniprot-DBxref:C:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " 3154
    В том числе локализованных в митохондриях "((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) " 81
    В т. ч. только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS и IDA ) "(((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.*] | [uniprot-DBxref:IDA.*]) ! (((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:IEA.*])) > parent )) " 11
    В т. ч. только с самыми плохими доказательствами функции (IEA) "(((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IDA*])) > parent )) " 48
    Большое число верных находок значит очень неплохую аннотацию этих данных. Еще большее число непроверенных данных говорит о том, что возможно, в базе данных появится еще "хороших" белков.
    Объект:

    © Карпусь Ольга, 2006