Четвертый семестр
Белки с другими функциями никак не выделены.
Поиск ортологов и паралогов производился на основе анализа филогенетического дерева и сравнения функций белков различных организмов.
Я считала ортологами белки из разных организмов, но образованные от одного общего предка в результате видообразования, причем такие белки имеют одну и ту же функцию.
На основе данной классификации можно выделить такие ортологи:
Пары ортологов на дереве соединены красной линией.
Паралоги - белки, образованные в результате дупликации предковой последовательности. Так как никакого видообразования не происходит,
то паралоги, ко всему прочему, представляют собой белки из одного организма. На основе данной классификации можно выделить такие паралоги:
Пары паралогов на дереве соединены синей линией.
©
Карпусь Ольга, 2006
Исследование филогенетического дерева семейства белков PF00230 из таксонов Bacillales и Mycoplasmataceae
Построение филогенетического дерева
Текстовые файлы с последовательностями белков и перечнем организмов.
Последовательности белков были выравнены с помощью программы emma, затем программой eprotdist построена матрица расстояний.
Реконструкция филогенетического дерева проводилась по алгоритму ближайших соседей с помощью программы
eneighbor, которой на вход подавалась полученная до этого матрица расстояний. Для получения наиболее приемлемого изображения обработка проводилась в программе
GeneMaster. Полученное в результате редактирования дерево находится здесь. Для просмотра дерева следует приблизить изображение! Белки данного семейства из архей (Archae)
выделены красным цветом, белки внешней группы (outgroup) - зеленым. Также на дереве отмечены белки с 2 различными функциями:
Построение таксономического дерева
На странице веб-сайта NCBI, задав список с перечнем организмов, получили таксономическое дерево.
Результат сохранили в текстовом формате.
