Мини-обзор генома и протеома бактерии Streptomyces vietnamensis


1 Введение

Таксономическая принадлежность Streptomyces vietnamensis:

Аэробный и грамположительный штамм GIMV4.0001T был выделен из лесной почвы во Вьетнаме [1]. S. vietnamensis способны продуцировать чувствительный к рН и устойчивый к высоким температурам и воздействию ультрафиолетового излучения фиолетово–синий пигмент [2][3], например во время выращивания на агаровой среде Гаузе. S. vietnamensis также синтезируют гранатицин, относящийся к бензоизохроманехинонам, обладающий антибактериальной и противоопухолевой активностью [4][5][6]. По некоторым данным, в регуляции синтеза гранатицина может участвовать микотиол [6].

2 Материалы и методы

С сайта NCBI были взяты данные из feature_table [7] и перенесены в Google таблицы. С помощью встроенных инструментов Google таблиц был проведен анализ этих данных, а именно составление гистограммы [1.1] длин белков (Рис. 1), подсчет числа генов белков и разных типов РНК репликонов для генома S. vietnamensis.

3 Результаты

3.1 Гистограмма длин белков

hist
Рис. 1 Гистограмма длин белков S. vietnamensis. Подписи: region - длины белков, count - количество белков.

Гистограмма протеома S. vietnamensis (Рис. 1), показывает распределение длин белков. У S. vietnamensis наименьшая встречаемая длина белка - 29, наибольшая - 5366. По гистограмме можно видеть, что наибольшее количество белков имеют длину 200-300 аминокислот. Преобладают белки длины от 100 до 500 аминокислотных остатков.

3.2 Количество генов белков и РНК в репликонах

У S. vietnamensis обнаружено два репликона - хромосома и плазмида pSVL1. Гены плазмиды кодируют только последовательности белков, всего их 294, что составляет примерно 3,542% от всех генов. Большинство генов хромосомы также кодируют белки - их 7911. Среди генов РНК преобладают гены, кодирующие тРНК. (Таб. 1) [1.2].

3.3 Количество генов белков, разных типов РНК

Таб.1 Количество генов, кодирующих белки и разные типы РНК, их доля от общего числа генов S. vietnamensis в процентах, округленная до пятого знака после запятой
CDS 8205 98,85542%
tRNA 71 0,85542%
rRNA 21 0,0025301%
ncRNA 2 0,00024%
tmRNA 1 0,00012%

Суммарно генов у S. vietnamensis 8300, из них 95 кодируют РНК. Один ген кодирует транспортно-матричную РНК. Сведений о том, играет ли транс-трансляция, которая осуществляется благодаря тмРНК, важную роль в устойчивости S. vietnamensis к неблагоприятным условиям, регуляции их клеточного цикла и пр., не было найдено.

4 Сопроводительные материалы

5 Источники