Описание структуры 5QJ0

Структура в целом

5QJ0 — белок, РНК-зависимая РНК-полимераза. Асимметрическая единица состоит из единственной полимерной цепи и совпадает с биологической единицей по строению.

general structure — Рис. 1 Вид структуры в целом

Отдельные цепи

Данная макромолекула относится к организму Hepacivirus hominis.
Uniprot_id: Q99IB8
Название: Genome polyprotein*
Функция: распознает матричную РНК и синтезирует РНК во время репликации вируса. Инициирует транскрипцию, репликацию РНК на флавинадениндинуклеотиде (FAD), что приводит к появлению 5'-FAD-кэпа (5'- FAD cap) на вирусных РНК. Таким образом, вирусная 5'-РНК может быть не распознана рецепторами хозяина, тем самым избегая активации биохимических путей, противодействующих вирусной инфекции.
Есть одна мутация относительно референса из Uniprot.
Модифицированные аминокислотные остатки (Modified Residues) отсутствуют.

sstructure — Рис. 2 Вторичная структура; голубым цветом обозначены α-спирали, фиолетовым — β-листы

Малые молекулы

В записи помимо воды присутствуют данные малые молекулы:

J6D 6-[ethyl(methylsulfonyl)amino]-2-(4-fluorophenyl)-N-methyl-5-(3-{[1-(pyrimidin-2-yl)cyclopropyl]carbamoyl}phenyl)-1-benzofuran-3-carboxamide
2PE NONAETHYLENE GLYCOL
GOL GLYCEROL
SCN THIOCYANATE ION

Файл с данными о малых молекулах

scn — Рис. 3 Белковое окружение SCN на расстоянии 5 ангстрем

2pe — Рис. 4 Белковое окружение 2PE на расстоянии 5 ангстрем

* Поскольку у вирусов образуется полипротеин, содержащий все белки, в том числе РНК-зависимую РНК-полимеразу

Иллюстрации взаимодействий аминокислотных остатков 5QJ0

hbond — Рис. 5 Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка

hbondr — Рис. 6 Водородная связь, затрагивающая атом бокового радикала серина и остов белка

glu_arg_bridge — Рис. 7 Солевой мостик между аргинином и глутамином

cys_all — Рис. 8 Цистеины белка; дисульфидных связей нет

stacking — Рис. 9 Стекинг между фенилаланином и триптофаном

Практикум 5

EC 2.7.7.48

РНК-зависимая РНК-полимераза 5QJ0 катализирует реакцию присоединения нуклеотида к 3' концу растущей РНК цепи:

a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) <=> diphosphate + RNA(n+1)

actC — Рис. 10 Oстатки каталитического центра ASP-220, ASP-318, ASP-319 (взаимодействий между ними нет)

okrActC — Рис. 11 Ближайшее окружение каталитического центра

Молекула ингибитора J6D находится на расстоянии 3.2 ангстрем от ближайшего остатка каталитического центра, взаимодействий между ними нет.

(Вероятно молекула J6D действует по принципу неконкурентного ингибирования.)

inh — Рис. 12 Молекула ингибитора и каталитический центр