Я использовала расширенный поиск, нажав на "Advanced" в строке поиска на сайте UniProt. Далее выбрала параметр "Taxonomy [OC]", ввела "Streptomyces vietnamensis [362257]" в поле этого параметра и получила результаты по запросу "(taxonomy_id:362257)". После применения фильтра по параметру "существование белка" (Protein existence), для которого была выбрана опция Transcript level*, отобразилось 4 записи.
Лучше прочих был аннотирован белок Lon (у него Annotation score 3/5, когда как у других трех - 2/5), поэтому выбран был он.
*Поскольку для данной бактерии записей с лучшим подтверждением, на уровне белка (Protein level), не было.
Lon является АТФ-зависимой сериновой протеазой (EC:3.4.21), принадлежащей семейству S16 (по базе данных MEROPS). Представляет собой гомогексамер с серином и лизином в активном центре, находится в цитоплазме бактерии.
Этот фермент катализирует гидролиз пептидных связей в мутантных, неправильных или регуляторных короткоживущих белках, расщепляя их на несколько небольших фрагментов длиной 5-10 аминокислот.
Может связываться с ДНК. Участвует в поддержании гомеостаза клетки, регуляции процессов при повреждении ДНК и других последствиях стресса.
Первый запрос (protein_name:"Lon protease") AND (taxonomy_id:10239) NOT inhibitor выдал 73 записи о вирусных белках, не являющихся ингибиторами Lon протеазы, когда как аналогичный запрос без NOT выдал 60 записей. При этом белков, предсказанных по гомологии (Inferred from homology ), при первом запросе оказалось 19, остальные же и все выданные при втором запросе были более низкого уровня подтверждения (predicted).
Следующий запрос (ec:3.4.21.53) AND (organism_id:9606) показал 8 записей о гомологах Lon протеазы в организме человека.
Запрос (ec:3.4.21.53) AND (taxonomy_id:2) AND (length:[750 TO 850]) выдал 43416 записей об эндопептидазах La, длина которых варьируется от 750 до 850 аминокислот, у бактерий.