Сравнение протеомов Streptomyces vietnamensis и Streptomyces coelicolor

Выбор протеомов

Протеом Streptomyces vietnamensis штамма GIMV4.0001T был выбран как единственный в выдаче по запросу "taxonomy_id:362257" (соответствует выбору Streptomyces vietnamensis в Taxonomy [OC]), Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) как референсный из выдачи по запросу "(taxonomy_id:100226) AND (taxonomy_id:1902)" (соответствует выбору Streptomyces coelicolor [1902] и Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) [100226] в Taxonomy [OC]).

Я выбрала именно Streptomyces coelicolor, поскольку эта бактерия не продуцирует гранатицин в отличие Streptomyces vietnamensis (хотя при этом продуцирует актинородин - схожее химическое вещество).

Использовала для скачивания:

wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000031774)' -O UP000031774.swiss.gz

wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000001973)' -O UP000001973.swiss.gz

Описание протеома Streptomyces vietnamensis

• Proteome ID: UP000031774
• Number of entries: 7,339
• Completeness (CPD): Standard
• BUSCO: S:98.4% D:1.2% F:0.1% M:0.4%
• Все записи в TrEMBL

Описание протеома Streptomyces coelicolor

• Proteome ID: UP000001973
• Number of entries: 8,038
• Completeness (CPD): Outlier (high value)
• BUSCO: S:98.7% D:0.6% F:0.1% M:0.6%
• 812 записей в UniProtKB

Степень изученности протеома довольно хорошая Streptomyces coelicolor, лучше чем Streptomyces vietnamensis

.

Сравнение протеомов по представленности определенных групп белков

Доли, которые составляют белки функциональных групп в протеомах

	трансмембранные белки	ферменты	белки генов из gra cluster
Streptomyces vietnamensis	1340 (18,26%)	1012 (13,79%)	4 (0,05%)
Streptomyces coelicolor	1546 (19,23%)	1106 (13,76%)	0

Количество трансмембранных белков искала с помощью bash:

zgrep -c -e 'Transmembrane {' -e 'Transmembrane;' UP000031774.swiss.gz

zgrep -c -e 'Transmembrane {' -e 'Transmembrane;' UP000001973.swiss.gz

Количество ферментов решила найти с помощью запроса в UniProt:

"(proteome:UP000031774) AND ((cc_catalytic_activity:*) OR (ec:*))"

"(proteome:UP000001973) AND ((cc_catalytic_activity:*) OR (ec:*))"

Количество белков, связанных с продукцией гранатицина, было найдено с помощью запросов "(gene:gra*) AND (proteome:UP000031774)" и "(gene:gra*) AND (proteome:UP000001973)" к UniProtKB.

Поскольку гранатицин и актинородин схожи по строению, я решила найти белки, связанные с поликетидами этих бактерий:

Для этого я написала код на питоне (ссылка) и использовала команду python f.py (f.py - название файла с кодом).

Streptomyces vietnamensis - 60 (0,82%)

Streptomyces coelicolor - 53 (0,66%)