Выравнивание последовательностей

Таблица 1 Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков при выравнивании программой needle

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Ribulokinase	ARAB_ECOLI	ARAB_BACSU	769.0	30.6%	48.7%	56	14
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	470.0	28.5%	49.1%	69	9
LexA repressor	LEXA_ECOLI	LEXA_BACSU	296.5	32.7%	51.2%	15	5

Таблица 2 Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков при выравнивании программой water

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Ribulokinase	ARAB_ECOLI	ARAB_BACSU	776.0	31.9%	50.2%	44	12	97.2%	95.4%
Biotin synthase	BIOB_ECOLI	BIOB_BACSU	477.5	35.0%	59.9%	6	5	84.7%	86.3%
LexA repressor	LEXA_ECOLI	LEXA_BACSU	300.5	33.5%	52.4%	13	4	97.5%	98.5%

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Таблица 3 характеристики глобального и локального парных выравниваний пары неродственных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
nonhomologous proteins (needle)	MAO1_ECOLI	MRAZ_BACSU	31.0	5.6%	8.9%	510	8	-	-
nonhomologous proteins (water)	MAO1_ECOLI	MRAZ_BACSU	49.0	23.5%	37.8%	46	5	15.6%	72.7%

Для негомологичных белков показатели веса, Identity и Similarity низкие, особенно у глобального выравнивания. Количество гэпов в глобальном выравнивании очень большое, в локальным тоже относительно немаленькое. Эти факты свидетельствуют о негомологичности этих белков. При этом лишь малая часть первого белка при локальном выравнивании была покрыта - всего 15.6%, когда как для второго целых 72.7%.

Множественное выравнивание белков

Я нашла в Swiss-Prot все белки для мнемоники LEXA, которая соответсвует белку с рекомендованным полным именем LexA repressor. Таких белков в Swiss-Prot оказалось 447. Для выравнивания помимо LEXA_ECOLI и LEXA_BACSU были выбраны LEXA_PECCC, LEXA_PECAS, LEXA_SHOC1, LEXA1_XANAC и LEXA2_XANAC.

Выравнивание было построено в Jalview с помощью функций Fetch sequences и Alignment с опцией "Muscle with Defaults".

Судя по выравниванию, выбранные белки гомологичны. Программа показала довольно несколько консервативных участков, а именно: 24-69, 91-110, 128-149, 158-164, 167-175. Наиболее длинными менее консервативными участками оказались 11-22, 57-64, 70-90, 106-126, 176-183.

Ссылка на файл с проектом Jalview