10. Поиск в нуклеотидных банках по аннотации. Выравнивание геномов.

Поиск осуществлялся с помощью запроса "Bifidobacterium[Organism]) AND chromosome[Title]" в "Nucleotides" на NCBI, выбирала среди последовательностей RefSeq. Выбрала последовательности хромосомы Bifidobacterium animalis strain YL2 (NZ_CP065311.1) и хромосомы Bifidobacterium breve strain BR3 (NZ_CP010413.1).

Для выравнивания алгоритмом blastn поменяла параметр Word size, установила значение 7.

megablast_animalis_breve — Рис. 1 выдача Dot Plot megablast

blastn_animalis_breve — Рис. 2 выдача Dot Plot blastn

На горизонтальной оси - геном Bifidobacterium animalis, на вертикальной - Bifidobacterium breve.

1) Во-первых, видим, что были выбраны разные цепи (поэтому крупные участки наклонены \, угловой коэффициент соотвествующей им прямой отрицательный).

2) Во-вторых, были выбраны разные точки начала (хромосомы кольцевые, видим два крупных участка вместо одной прямой, обозначены римскими цифрами I и II на Рис. 3. Точки, обозначающие совпадающие концы отмечены оранжевыми галочками на Рис. 4.).

3) Участки A, B, C, F наклонены в другую сторону, что говорит об их инверсии. Возможно произошла инверсия участка с C и F, а затем инверсия участка внутри него.

4) Также положение участка A свидетельствует о его траснпозиции. Если предположение выше о двух инверсиях неверно, то C и F тоже могли быть подвержены транспозиции.

5) В участке B есть пробелы, что, вероятно, связано с тем, что в этих местах последовательности не похожи.

6) Пустые прмежутки между D и E, d и e могли появиться вследствие делеций в последовательности Bifidobacterium animalis или вставок в последовательности Bifidobacterium breve.