Химическое строение нуклеиновых кислот


Задание 1

Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК были построены с помощью соответсвующих команд

fiber -a -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-a.pdb

fiber -b -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-b.pdb

fiber -z -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-z.pdb

Ссылки: A-форма, B-форма, Z-форма


Задание 2

Мною была рассмотрена структура B-формы.

Азотистое основание - цитозин.

В сторону большой бороздки обращены атомы C9.C6, C9.C5, C9.C4, C9.N4

В сторону малой бороздки обращены атомы C9.O2, C9.C2, C9.N1

structure_al
Рис. 1 Цитозин. Красным цветом отмечены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
structure_al
Рис. 2 Расположение цитозина C9

Характеристики полученных форм ДНК
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали, Å 28 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки, Å 17.0 (A/DT`15/P-B/DG`21/P) 17.9 (A/DC`4/P-B/DG`25/P) 18,6 (A/DG`5/P-B/DC`34/P)
Ширина малой бороздки, Å 8.0 (A/DG`5/P-B/DA`22/P) 11.7 (A/DG`13/P-B/DC`24/P) 12,3 (A/DG`15/P-B/DG`27/P)

Задание 3

Задание было выполнено для структуры 1f7u из PDB.


Упр.1.

tors_angl_1
Рис. 3 Торсионные углы 1f7u, Strand I
tors_angl_2
Рис. 4 Торсионные углы 1f7u, Strand II

Упр.2.

tors_angl_1
Рис. 5 Нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК 1f7u

Стебли образуют: 901-907 и 972-966, 949-953 и 965-961, 939-944 и 931-926, 910-913 и 925-922

Неканонические пары: 901P-**--A972, 905U-*---G968, 955P-**+-G917, 943A-**--P927, 944A-**--g926, 913C-**--C922, 914A-**--U908, 915A-**+-U948.

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 954t-**--a958, 955P-**+-G917, 914A-**--U908, 915A-**+-U948, 918G-----C956.