Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
| Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 901-907:972-966 | - | 1-6:66-71 |
| D-стебель | 910-913:925-922 | - | 7-12:22-17 |
| Антикодоновый стебель | 939-944:931-926 | 27-33:42-36 | 27-31:39-43 |
| T-стебель | 949-953:965-961 | (32-39:51-58) | 49-53:61-65 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 6 (13) | 20 |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Скрипт для JMol с определениями множеств атомов, указанных в задании, и последовательным изображением, как указано в задании.
Скрипт| Контакты атомов белка с... | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 8 | 39 | 47 |
| остатками фосфорной кислоты | 88 | 19 | 107 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 21 | 20 | 41 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 4 | 4 |
Резюме
По полученным результатам можно заключить, что у остатков 2'-дезоксирибозы больше неполярных контактов, у остатков фосфорной кислоты - полярных.
Также видим, что взаимодействий между атомами белка и остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки намного больше, чем взаимодействий между атомами белка и остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки.
Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов указанных на схеме выше - Gln68 (2 контакта с фосфатами ДНК).
Важным для распознавания последовательности является, вероятно, Arg69, т.к. он образует водородную связь с азотистым основанием.
