Отчёт по практикумам 1-3 четвертого семестра
Торхова Веста, группа 202
| Вид | Таксономия | Мнемоника |
|---|---|---|
| Mus musculus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus | MOUSE |
| Apodemus flavicollis | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Apodemus; Sylvaemus group | APOFL |
| Chionomys roberti | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Arvicolinae; Chionomys | CHIRO |
| Akodon mollis | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Sigmodontinae; Akodon | AKOMO |
| Steatomys parvus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Nesomyidae; Dendromurinae; Steatomys | STEPA |
| Dolichotis patagonum | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Hystricomorpha; Caviidae; Dolichotis | DOLPA |
| Oryctolagus cuniculus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Lagomorpha; Leporidae; Oryctolagus | RABIT |
| Ochotona alpina | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Lagomorpha; Ochotonidae; Ochotona | OCHAL |
| Tupaia belangeri | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Scandentia; Tupaiidae; Tupaia | TUPBE |
| Cynocephalus volans | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Dermoptera; Cynocephalidae; Cynocephalus | CYNVO |
| Galago senegalensis | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Primates; Strepsirrhini; Lorisiformes; Galagidae; Galago | GALSE |
Скобочная формула дерева
((((((STEPA,(CHIRO, AKOMO), (MOUSE, APOFL))), DOLPA), (OCHAL, RABIT)), (TUPBE, (GALSE,CYNVO)));
Изображения деревьев
Сравнение деревьев
- fastme, модель p-distance: CYNVO объединен с TUPBE, когда как должна быть отдельная клада из CYNVO и GALSE. STEPA объединен в одну кладу с MOUSE и APOFL.
- fastme, модель MtREV: совпадает с результатами модели p-distance.
- iqtree: ветвь OCHAL отходит первой, хотя должна быть в одной кладе с RABIT и еще большей кладой, включающей также DOLPA, STEPA, AKOMO, CHIRO, APOFL и MOUSE. Вместо OCHAL в одной кладе с RABIT находится DOLPA. STEPA отходит раньше, образуется клада из AKOMO, CHIRO, APOFL и MOUSE.
Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям
Не для всех организмов я нашла нуклеотидные последовательности митохондриального генома. Поэтому вместо Akodon mollis я взяла Akodon montensis (AKOMN), вместо Ochotona alpina - Ochotona thibetana (OCHTI). Для Steatomys parvus, Dolichotis patagonum и Cynocephalus volans подходящих замен не нашла.
Главное отличие этого дерева от предыдущих - объединение RABIT и OCHTI в кладу с GALSE и TUPBE и отсутсвие клады RABIT, OCHTI, APOFL, MOUSE, CHIRO, AKOMN. Как и на некоторых деревьях выше ветвь GALSE отделяется раньше TUPBE. Но, как и на дереве, построенном по таксономи, TUPBE оказывается ближе к кладе OCHTI (OCHAL), RABIT, чем GALSE.
Укоренение во внешнюю группу
В качестве животного для внешней группы я выбрала Hemiechinus auritus (мнемоника: HEMAU).
Кроме новой ветви HEMAU отличий от дерева на рис. 3 нет.
Бутстреп
Я повторила предыдущие построение, использовав бутстреп. Наибольшая поддержка наблюдается у верно реконструированных ветвей: MOUSE, APOFL и AKOMO, CHIRO. Тем не менее неправильно реконструированная ветвь CYNVO, TUPBE имеет поддержку даже немного побольше, чем у правильной ветви RABIT, OCHAL. Эта же неправильная ветвь CYNVO, TUPBE опережает по величине в несколько раз правильные ветви (например, отделяющую DOLPA с числом поддержки 23).