Porphyromonas gingivalis-грамм отрицательная анаэробная бактерия,которая обитает в поддесневой борозде полости рта.
Она известна тем, что подвергается транзиции(транзиция-простая замена одного пуринового или пирамидинового основания в цепи ДНК на соответствующее другое основание), переходит от симбионта в здоровых организмах к чрезвычайно агрессивному внутриклеточному болезнетворному микроорганизму в организмах больных людей, страдающих от парадонтоза,
где она часто является доминирующей патогенной бактерией.Применимость основанных на масс-спектрометрии протеомик для изучения взаимодейтсвий P. gingivalis с моделями клеток хозяина,
агрессии и патогенности рассмотрена. Эти исследования развивались от качественных идентификаций малого количества секренированных белков, в которых использовались традиционные
гель-методы, до качественных протеомических изучений целой клетки, где использовались капиляры HPLC,объединенные с линейными ион-ловушками масс-спектрометрии.