c Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Работа с программами MS Excel, Needle, Water, Matcher

Матрица переходов

Глобальное выравнивание производилось с последовательностями VPALL и PAL. Параметры
  1. вес совпадения 2
  2. вес замены -1
  3. штраф за делецию -2
  4. штраф за продолжение делеции -2
 Локальное выравнивание производилось с последовательностями
MKNRILAVI и KRAVI
Оптимальное выравнивание: 
        VPALL
     ||| 
    -PAL-

Вес выравнивания S=2

Оптимальный путь: 

     AVI
 |||  
 AVI

S=6

Субоптимальный путь: 

     KR
 ||  
 KR

S=4

Поиск участков локальной гомологии

Локальное выравнивание делалось для последовательностей:
Первая - |P02931|OMPF_ECOLI Outer membrane protein F precursor (Porin ompF) MMKRNILAVIVPALLVAGTANAAEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNGENSYGGNGDM TYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTGNKTRLAFAGLKYADVGSFDY GRNYGVVYDALGYTDMLPEFGGDTAYSDDFFVGRVGGVATYRNSNFFGLVDGLNFAVQYL GKNERDTARRSNGDGVGGSISYEYEGFGIVGAYGAADRTNLQEAQPLGNGKKAEQWATGL KYDANNIYLAANYGETRNATPITNKFTNTSGFANKTQDVLLVAQYQFDFGLRPSIAYTKS KAKDVEGIGDVDLVNYFEVGATYYFNKNMSTYVDYIINQIDSDNKLGVGSDDTVAVGIVY QF
Вторая - случайно выбранная из Porin ompF ILAVIVPALLKLGVGSDDTV
Параметры:
  • Матрица перехода -EBLOSUM62
  • Штраф за делецию - 10
  • За продление делеции - 1 
    1.           350    
OMPF_E KLGVGSDDTV
       ::::::::::
  seq3 KLGVGSDDTV
               20

    2.           10        
OMPF_E ILAVIVPALL
       ::::::::::  
  seq3 ILAVIVPALL
               10

    По результатам локального выравнивания я получил, что искусственная последовательность была составлена из фрагментов моего белка
    1) c 6 по 15
    2) с 45 по 54

    Влияние параметров на глобальное выравнивание

    Глобальное выравнивание делалось для последовательностей:
    Первая - |P02931|OMPF_ECOLI Outer membrane protein F precursor (Porin ompF) MMKRNILAVIVPALLVAGTANAAEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNGENSYGGNGDM TYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTGNKTRLAFAGLKYADVGSFDY GRNYGVVYDALGYTDMLPEFGGDTAYSDDFFVGRVGGVATYRNSNFFGLVDGLNFAVQYL GKNERDTARRSNGDGVGGSISYEYEGFGIVGAYGAADRTNLQEAQPLGNGKKAEQWATGL KYDANNIYLAANYGETRNATPITNKFTNTSGFANKTQDVLLVAQYQFDFGLRPSIAYTKS KAKDVEGIGDVDLVNYFEVGATYYFNKNMSTYVDYIINQIDSDNKLGVGSDDTVAVGIVY QF Вторая - случайно выбранная из Porin ompF ILAVIVPALLKLGVGSDDTV
    Параметры:
  • Матрица перехода -EBLOSUM62
  • Штраф за делецию - 10
  • За продление делеции - 1
    		• Параметры:
  • Матрица перехода -EBLOSUM80
  • Штраф за делецию - 1
  • За продление делеции - 1 
  • OMPF_ECOLI         1 MMKRNILAVIVPALLVAGTANAAEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNG     50
                          ||||||||||..|..:...:                         
seq3               1      ILAVIVPALLKLGVGSDDTV                              20

OMPF_ECOLI        51 ENSYGGNGDMTYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTG    100
                                                                       
seq3              21                                                        20

  • OMPF_ECOLI         1 MMKRNILAVIVPALLVAGTANAAEIYNKDGNKVDLYGKAVGLHYFSKGNG     50
                          ||||||||||                |  | |  |         |
seq3               1      ILAVIVPALL----------------K--L-G--V---------G     15

OMPF_ECOLI        51 ENSYGGNGDMTYARLGFKGETQINSDLTGYGQWEYNFQGNNSEGADAQTG    100
                       |   : | | .                                     
seq3              16 --S---D-D-T-V                                          20

    • Во-первых, взяты разные матрицы перехода, из-зи этого разные данные о сходстве V и D а/к.

    Во-вторых, маленький штраф за открытие делеции привел к тому, что выравнивание растянулось.

    На главную