Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов

Анализ филогенетических деревьев

Приведено филогенетическое дерево глобинов. В качестве контрольной группы использованы миоглобины, они отмечены красным. Структура ветвления миоглобинов соответствует таксономии позвоночных. Были найдены группы ортологов. Они показаны цветом: голубым, серым и бледго-желтым соответственно. Последовательности отмечанные синим кружком нельзя индентефицировать как ортологов. Возможно, они являются паралогами. Последовательности Chiken(зеленый) и Human(коричневый) являются паралогами, также как и не отмеченный Xenopus. Daino может быть отнесен ик малиновой и к желтой группе.

Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов

Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз, в котором все белки – ортологи. Все белки распределены в 2 группы согласно таксономическим данным с сервера NCBI.
Синим обозначены бактерии, желтым - археи. Через эволюцию белка можно проследить четко выделеные группы бактерий. Так Escherichia и Pasteurella входят в Proteobacteria, а Lactococcus и вся "нижняя" группа – Firmicutes. В то время как Termotoga стоит особняком и выделяется в отдельную группу. Археи же раскиданы по дереву. Это объясняется прежде всего древностью самих организмов, а следовательно непонятной, запутанной и порою противоречивой классификацией и относительностью рекострукции эволюции белка.

Главная