Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Задача – создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что Порин OmpF.

1.Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release 28.02.04

таблица в формате Word

Часть 2. Описание процедуры составления выборки

Поиск я вел на сервере http://srs.ebi.ac.uk/.
Моя задача была найти белки ompF в yersinia pestis, enterobacter cloacae или Escherichia coli.
Я вел поиск в БД UniProt, по полям Description и Species, для отображения в результатах поиска я выделил ID, Taxonomy, Description и Species.
Было найдено 6 документов по моему запросу.

Часть 3. Описание выборки

Я отбирал белки по видам организмов и по функциям. то есть я брал лишь гомологов в заданных мне

ID AC Организм Таксон
1 OMPF_ECOLI P02931 ESCHERICHIA COLI BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ESCHERICHIA
2 Q9ZC72 Q9ZC72 YERSINIA PESTIS BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
YERSINIA
3 Q9ZC71 Q9ZC71 YERSINIA PESTIS BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
YERSINIA
4 Q93K98 Q93K98 ENTEROBACTER CLOACAE BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ENTEROBACTER
5 Q8X7L5 Q8X7L5 ESCHERICHIA COLI BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ESCHERICHIA
6 Q8X731 Q8X731 ESCHERICHIA COLI BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ESCHERICHIA
На главную