Второй семестр

Программы с которыми мы работали:

программы из пакета EMBOSS (emma, water, matcher, needle), Blast (blastp, psi-blast), Clustal, Genedoc. Базы данных, с которыми мы работали: Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt, Pfam, PROSITE, InterPro

Чему я научился

Я научился исследовать белки с помощью программ расположеных в WWW и на сервере pvm.belozersky. Если в прошлом семестре мы работали с в основном с визульным избражением белка, то во 2-м с последовательностью. Я понял как найти всю информацию о белке с помощью SRS, я научился строить выравнивания, искать гомологов с помощью Blast'a, я понял как можно попытаться воссоздать условный процесс эволюции с помощью деревьев, а также понял как исследовать свой белок на мотивы и домены.

Ссылки

  1. Поиск в банках аминокислотных последовательностей белков с теми же функциями, что и Порин OmpF.
  2. Алгоритмы попарного выравнивания
  3. Blastp
  4. Описание общей доменной структуры OmpF и известных мотивов в его аминокислотной последовательности
На главную