|
|
-
Согласно заданному пространственному выравниванию
я вручную построила следующее выравнивание (скачать):
 .
Я считала остатки выравненными, если соблюдалось сходство геометрии их расположения. Ранее, выполняя это задание, я отводила главную роль расстоянию между С-альфа атомами остатков, в результате чего в выравнивании появились слишком длинные гэпы, которые обычно отражают петли, которых не наблюдалось в пространственном выравливании.
Глядя на составленное выравнивание, легко восстановить картину пространственного выравнивания: Белки очень хорошо выровнены, и лишь их "хвосты" расходятся в протранстве.
- С помощью программы needle было получено оптимальное глобальное выравнивание для предложенных участков белков (скачать):
Вполне очевидны различия реального и предлагаемого needle выравнивания: они проявляются исключительно на хвостах.А именно в 6-й позиции выравнивания needle сопостовляет два лейцина, которые на самом деле не выровнены в пространстве.
Таким образом, needle в данном случае дает завышенный результат по проценту идентичности и другим показателям. В общем, думаю это вполне приемлемая и объяснимая ошибка для программы, опирающейся исключительно на последовательности. Кроме того, скорее всего полученный выигрыш более-менее скомпенсируется не очень удачными возникшими парами ак.
|