Практикум 11.
1. Выбор семейства доменов.
Выбор был сделан случайным образом. Все ограничения соблюдены.
2. Описание семейства доменов
- Название: AbiJ N-terminal domain 3
ID: AbiJ_NTD3
AC: PF18860
Функция домена: Присутствует в огромном разнообразии систем защиты и реагирования на стресс в организме; выполненяет основные функции, в частности обработывает эукариотический рРНК.[1] - Full: 195
Seed: 63 - Число доменных архитектур: 11
- Две доменные архиектуры:
- Q99QL8_STRCO, 102 белка.
- F3Z3D4_DESAF, 62 белка.
- Число белков с 3D структурой: 0
- Таксономия: все белки домена принадлежат 4 типам:
- тип Actinobacteria (45 белков)
- тип Proteobacteria (48 белков)
- тип Bacteroidetes (21 белок)
- тип Firmicutes (19 белков)
- Дата создания: Wed Oct 13 18:10:51 2021
Число позиций: 167
3. Карта локального сходства(Dot Plot) двух белков.
Были выбраны два белка: F3Z3D4_DESAF и Q99QL8_STRCO. По результатам работы программы BLAST можно предположить, что в эволюции от последнего общего предка произошел ряд вставок и/или делций.
4. Выделение на основании сходства двух подгрупп доменов Pfam.
Сначало было скачано выравнивание содержащее 195 последовательностей (full) формата FASTA. Потом были убраны избыточные последовательности (порог идентичности 90%), всего осталось 155.
Далее было построено филогенетическое дерево белков вравнивания. Из этого дерева были выбраны две сестренские ветви — зеленого и розового цвета. Стоит уточнить, что всего получилось 2-е больших группы и 6 маленьких (3 и менее белков).
Зеленая группа отличается от розовой тем, что на 34, 94, 119, 155, 175, 190, 230 позициях содержит положительно заряженую аминокислоту- аргинин(R); на 38, 82, 83, 99, 145, 148, 164, 165, 191, 194, 219 позициях включает отрацательно заряженные аминокислоты (E, D); на 115, 135, 138 позициях находятся полярные аминокислоты (N,Q,S,T).
Розовая же группа, в свою очередь, отличается от зеленой, тем что содержит аргинин (R) на 161, 256 и 268 позициях; на 35, 270, 275 позициях находятся отрацательно заряженные аминокислоты (E, D); на 138, 145, 162, 195, 225, 257, 264 позициях у этой группы располагаются полярные аминокислоты (N,Q,S,T). Еще одна особенность этой группы заключается в том, что ее белки самые короткие из всего выравнивания.
Следует также обратить внимание на участок с 115 по 120 позиции. В этом месте в состав розовой группы входят пролины и цистеины, а все остальное выравнивание на этом промежутке содержит такие аминокислоты, как аргнин(R), серин(S), лейцин(L), тирозин(Y), фенилаланин(F) и аспаргиновую кислоту(D).
5. Таблица со всеми белками из Uniprot.
В поисковой системе Uniprot был создан запрос: database:(type:pfam pf18860). В качестве последней колонки было выбрано Taxonomic lineage (PHYLUM), т.к. все белки семейства принадлежат бактериям, а на уровне вида начинают быть видны таксономические различия. В резульате были найдены белки с доменом семейства (ознакомится с таблицой можно по ссылке).