Практикум 9.

Задание 1

Protein Name
ID 1
ID 2
Score
% Identity
% Similarity
Gaps
Indels
Allantoate amidohydrolase ALLC_ECOLI ALLC_BACSU 956 46.1% 62.1% 1.2% 2
Biotin synthase BIOB_ECOLI BIOB_BACSU 470 28.5% 49.1% 18.4% 9
Chemotaxis protein CheW CHEW_ECOLI CHEW_BACSU 197.5 26.1% 46.7% 20.6% 5
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Задание 2

Protein Name
ID 1
ID 2
Score
% Identity
% Similarity
Gaps
Indels
Coverage 1
Coverage 2
Allantoate amidohydrolase ALLC_ECOLI ALLA_BACSU 962 47.3% 63.61% 0.0% 0 98.0% 98.0%
Biotin synthase BIOB_ECOLI BIOB_BACSU 477.5 35.0% 59.9% 2.0% 6 84.7% 86.3%
Chemotaxis protein CheW CHEW_ECOLI CHEW_BACSU 199.5 28.6% 51.6% 14.9% 3 91.6% 92.9%
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Задание 3

Были выбраны ID CHEW_ECOLI и BIOB_ECOLI. Показатели идентичности и схожести неродственных белков по сравнению с показателями родственных белков сильно снизелись, как в локальном, так и в глобальном выравнивании. Показатели гэпы и инделей напротив возрасли, особенно в глобальном выравнивани.

Все это показывает, что неродственные белки практически не совпадают, и чтобы произвести выравнивание выбирается один из белков, чье покрытие в дальнейшем будет больше.

Тип вырвынивания
Protein Name
ID 1
ID 2
Score
% Identity
% Similarity
Gaps
Indels
Coverage 1
Coverage 2
Глобальное выравнивание Biotin synthase и Chemotaxis protein CheW BIOB_ECOLI CHEW_ECOLI 45.5 7.2% 11.4% 80.1% 11 - -
Локальное выравнивание Biotin synthase и Chemotaxis protein CheW BIOB_ECOLI CHEW_ECOLI 50.0 26.3% 41.1% 30.5% 6 20.2% 54.5%
Таблица 3. Характеристики глобального и локального парного выравнивания пары негомологичных белков

Задание 4

  1. Была выбрана мнемоника BIOB (полное имя белка: Biotin synthase); нашлось 589 белков; были выбраны:
    • BIOB_ARATH (Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress))
    • BIOB_RENSM (Renibacterium salmoninarum)
    • BIOB_WIGBR (Wigglesworthia glossinidia brevipalpis)
    • BIOB_PROM0 (Prochlorococcus marinus)
    • BIOB_BURTA (Burkholderia thailandensis)
  2. Выравнивание делалось с помощью программы Jalview.
  3. Гиперссылка на файл с проектом Jalview.
  4. Все белки выровнялись хорошо. По моему мнению, они все гомологичны, хотя относятся к разнообразным таксономическим группам(Резуховидка Таля, грамотрицательная бактерия, грамоположительная бактеия, цианобактерия, томат). Более консервативние участки: 106-110, 202-209, 269-274, 281-284, 312-318 333-337, они расположены равномерно на всей последовательности.