Практикум 9.
|
|||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Allantoate amidohydrolase | ALLC_ECOLI | ALLC_BACSU | 956 | 46.1% | 62.1% | 1.2% | 2 |
Biotin synthase | BIOB_ECOLI | BIOB_BACSU | 470 | 28.5% | 49.1% | 18.4% | 9 |
Chemotaxis protein CheW | CHEW_ECOLI | CHEW_BACSU | 197.5 | 26.1% | 46.7% | 20.6% | 5 |
|
|||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Allantoate amidohydrolase | ALLC_ECOLI | ALLA_BACSU | 962 | 47.3% | 63.61% | 0.0% | 0 | 98.0% | 98.0% |
Biotin synthase | BIOB_ECOLI | BIOB_BACSU | 477.5 | 35.0% | 59.9% | 2.0% | 6 | 84.7% | 86.3% |
Chemotaxis protein CheW | CHEW_ECOLI | CHEW_BACSU | 199.5 | 28.6% | 51.6% | 14.9% | 3 | 91.6% | 92.9% |
Были выбраны ID CHEW_ECOLI и BIOB_ECOLI. Показатели идентичности и схожести неродственных белков по сравнению с показателями родственных белков сильно снизелись, как в локальном, так и в глобальном выравнивании. Показатели гэпы и инделей напротив возрасли, особенно в глобальном выравнивани.
Все это показывает, что неродственные белки практически не совпадают, и чтобы произвести выравнивание выбирается один из белков, чье покрытие в дальнейшем будет больше.
|
||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Глобальное выравнивание | Biotin synthase и Chemotaxis protein CheW | BIOB_ECOLI | CHEW_ECOLI | 45.5 | 7.2% | 11.4% | 80.1% | 11 | - | - |
Локальное выравнивание | Biotin synthase и Chemotaxis protein CheW | BIOB_ECOLI | CHEW_ECOLI | 50.0 | 26.3% | 41.1% | 30.5% | 6 | 20.2% | 54.5% |