Задание 1

C помощью инструментов пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК.
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb

Задание 2

Т.к. мое имя отсутствует в таблице с распределением аминокислот, я выбрала строку не занятую ничьим именем (аденин 1il2 1odh)
Для анализа была выбрана А-форма. На Рис.1 синим выделены атомы аденина, обращенные к малой бороздке, красным - к большой.

К большой борозде: [DA]8:B.C8; [DA]8:B.N7; [DA]8:B.C5; [DA]8:B.C6; [DA]8:B.N1

К малой борозде: [DA]8:B.C2; [DA]8:B.N3; [DA]8:B.C4; [DA]8:B.N9

	A-форма	В-форма	Z-форма
тип спирали	левая	левая	правая
шаг спирали (A)	28,3	35,7	45,12
число оснований на виток	11	10	12
ширина большой бороздки	11 (5:B.P-4:A.P)	17,21 (A6:A - C32:B)	15,7 (6:A.P-10:B.P)
ширина малой бороздки	9.625(T7:A-T27:B)	11,69 (G9:A - C36:B)	8,2 (3:A.P-9:B.P)

Задание 3

Стебли: (901-907 971-966), (949-954 965-958), (938-944 932-926), (910-913 925-922)

Неканонические пары (без учета модифицированных оснований): 905:U-G:968, 955:P-G:917, 938:C-P:932, 940:U-G:930, 944:A-G:926, 910:G-U:925, 913:P-G:922, 914:A-A:921, 916:u-U:959

Стабилизирующие пары вне петель: 955:P-G:917, 908:U-A:946, 914:A-A:921, 915:A-U:948, 916:u-U:959, 918:G-C:956

Файл