Практикум 3.

Задание 1.

Упр. 1

Параметры einverted: Gap penalty:12; Minimum score threshold: 15; Match score:3; Mismatch score:-4.

Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК
Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания
с помощью einverted		 Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель (901-907 971-966) 0/7 7/7
D-стебель (910-913 925-922) 0/4 0/4
T-стебель (949-953 965-961) 5/5 5/5
Антикодоновый стебель (938-944 932-926) 0/7 5/7
Общее число канонических пар нуклеотидов 22 5 17
Упр.2

Параметры алгоритма Зукера: --MEA --noClosingGU. Относительно корректный вариант получился с 6 попытки, дальнейшие модификации к успеху не привели.

Структура по алгоритму Зукера

Задание 2.

Упр.1

  1. Cкрипт-файл, определяющий множества атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), азота в азотистых основаниях (set3).

  2. Cкрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры.

Упр 2.

Скрипт-файл для поиска контактов.Большинство контактов носит неполярный характер.

Таблица 2.Контакты разного типа в комплексе 1odh.
Контакты атомов белка Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 2 10 12
остатками фосфорной кислоты 6 4 10
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 6 14 20
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0

Задание 3

Задание 4

В структуре два остатка, контактирующих дважды: Lys74(A) и Asn65(A).
Для распознавания, по-видимому, важнее всего Asn65(A)поскольку он контактирует с максимальным количеством азотистых оснований.

Аспаргин образует 2 водородные связи: с N4 С(1018) через кислород остова и О6 G(1008) через азот радикала.