Практикум 7.
1. Выбор сборки генома эукариотического организма.
В качестве эукариотического организма мной была выбрана Конопля посевная, или выражаясь научным языком Cannabis sativa. Это однолетнее двудомное растение с набором хромосом 2n = 20. Ранее использовалось для проведения священных обрядов скифами, индусами и сикхами, а также как сырье для создания одежды. Содержит каннабиноиды и терпеноиды выделяемые железистыми трихомами, благодаря которым конопля используется в медицине как обезболивающее.[1]
Поисковый запрос: "Cannabis sativa". В результате, было найдено 14 сборок.
Уровень сборки: "Chromosome". Это означает, что существует последовательность для одной или нескольких хромосом. Эти хромосомы могут быть полностью секвенированными без гэпов или могут содержать скэффолды и контиги с гэпами между ними, а такж могут присутствовать нелокализованные скэффолды.
Выбранная сборка является референсной. Это означает, что эта сборка генома выскококачественная и отобрана вручную. Она является стандартом, с которым сравнивают другие данные.
2. Таблица характеристик выбранной сборки.
| Идентификатор GenBank | Идентификатор RefSeq | Общий размер генома | *N50, L50 |
|---|---|---|---|
| GCA_900626175.2 | GCF_900626175.2 | 875.7 Mb | Scaffold N50 = 91.9 Mb Scaffold L50 = 5 Contig N50 = 2 Mb Contig L50 = 102 |
*N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой
и большей длины
L50: Число контигов (наименьшее), в которых
содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки
3. Скачивание файлов сборки.
Были загружены файлы:
Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA).
Последовательности белков (в формате FASTA).
Последовательности генома с аннотацией (GBFF).