Практикум 8.
Разные варианты BLAST для короткого контига
Выбор контига
В ходе поисков в геноме Cannabis sativa короткого контига, содержащего в себе хотя бы одну CDS, было выясненно что такой контиг отсутствует. Поэтому было принято решение расммотреть участок 6-ой хромосомы.
Идентификатор контига: NC_044377.1
Координаты фрагмента: 28,990,996..28,994,148
Общая длинна:79335105
Длинна фрагмента:3152
В выбранном фрагменте есть один ген, состоящий из 7 экзонов (зеленые прямоугольники) и 6 интронов (зеленые лении). Из этих экзонов 7 содержат CDS (темно-зеленые части экзонов) и 2 содержат нетранслируемые области мРНК(светло-зеленые участки экзонов).
Ссылка на последовательность фрагмента
Работа в BLAST
Был выполнен поиск BLAST по эукариотическим последовательностях для данного фрагмента. Из поиска был исключен отдел Magnoliophyta(taxid:3398).
C:\Users\vasne\OneDrive\work\bin\makeblastdb -in GCA_900626175.2_cs10_genomic.fna -dbtype nucl
C:\Users\vasne\OneDrive\work\bin\blastn -task blastn -query C:\Users\vasne\OneDrive\work\16S_rRNA_ecoli.fasta -db C:\Users\vasne\OneDrive\work\GCA_900626175.2_cs10_genomic.fna -out C:\Users\vasne\OneDrive\work\16s.txt
C:\Users\vasne\OneDrive\work\bin\blastn -task blastn -query C:\Users\vasne\OneDrive\work\23S_rRNA_ecoli.fasta -db C:\Users\vasne\OneDrive\work\GCA_900626175.2_cs10_genomic.fna -out C:\Users\vasne\OneDrive\work\23s.txt
16sRNA- малая субъеденица 70S рибосомы; 23sRNA- большая субъеденица 70S рибосомы.
Использовался blastn, так как искали сходство нуклеотидной последовательности с рРНК.
Найдено 14 гомологов 16sRNA и 16 гомологов 23sRNA.
Аннотаций полученных участков нет
blastn: поиск выдал 68 находок, большинство относятся к роду Pinus, но встречаются также низшие растения (такие как род Selaginella, Dunaliella), пресмыкающиеся (Kaloula pulchra) и млекопитающие (Mus musculus)
Blastn - алгоритм, который принимает нуклеотидную последовательность и ищет похожие последовательности из нуклеотидной базы данных.
megablast: поиск выдал 10 находок, все они относятся к роду Pinus.
Megablast - вариант blastn, осуществляющий поиск очень похожих последовательностей.
blastx: поиск выдал 1512 находок, большинство из них являются неохарактеризованными белками
Blastx- алгоритм, который транслирует полученную нуклеотидную последовательность и ищет похожие аминокислотные последовательности в белковой базе данных.
tblastx: поиск выдал ошибку - нехватка вычислительных ресурсов для выполнения запроса.
tblastx- алгоритм, который транслирует полученный запрос в белок и ищет схожие в нуклеотидной базе данных, транслированной в шести рамках считывания.