GO

Для работы мне был предложен список из 38 ID. Для начала я решила узнать, с чем буду работать. Для этого был использован поиск по базе данных GO. 38 ID участвовало в результате в анализе обогащения. 133 GO terms оказалось в выдаче. Большинство моих белков вовлечены в метаболизме глициридов.

Human Protein Atlas

Я выбрала SDC1 - Syndecan 1. Белок, кодируемый этим геном, представляет собой трансмембранный (тип I) гепарансульфат протеогликан и относится к семейству синдекановых протеогликанов. Синдеканы отвечают за связывание клеток, передачу сигналов клетке и организацию ее цитоскелета, а рецепторы синдекана необходимы для интернализации белка tat ВИЧ-1. Белок синдекан-1 функционирует как целостный мембранный белок и участвует в пролиферации клеток, миграции клеток и взаимодействиях клеток с клеточным матриксом через свой рецептор белков внеклеточного матрикса. Измененная экспрессия синдекана-1 была обнаружена в нескольких различных типах опухолей. Хотя для этого гена может существовать несколько вариантов транскриптов, полноразмерные аналоги только двух были описаны до настоящего времени. Они представляют собой основные варианты этого гена и кодируют один и тот же белок. Специфичен ID для мозжечка и обонятельных долей у мышей и не региоспецифичен у людей. У свиней региоспецифичность не определена. Обладает специфической субклеточной локализацией (сайты очаговой адгезии). Немного различается по экспрессии РНК и белка (печень, почки, лимфатическая и мужская половая системы). SDC1 экспрессируется в печени и плаценте, если рассматривать его как РНК (картинка consensus dataset).