Подготовка данных

Для этого задания я выбрала бактерию Pseudomonas aeruginosa(штамм PAO1). Для этой бактерии был скачен fasta файл с ее хромосомой из GeneBank, а также файл с координатами ORF. Потом воспользовавшись веб-сервисом Operon-mapper, был получен файл со списоком найденных оперонов.
При помощи скрипта Сергея Бушуева(автор выражает ему свою большую благодарность) были получены следующие файлы:

• train.fa с последовательностями тренировочного набора
• test.fa с последовательностями тестового набора
• neg_contr.faс последовательностями негативного контроля

.

Запуск MEME

Был произведен локальный запуск MEME. Текстовую выдачу можно посмотреть по ссылке.

meme train.fasta -dna -nmotifs 3 -minw 6

Было найдено три мотива:

• logo1 c E-value = 1.7e-003 (Рис.1)
• logo2 c E-value = 1.6e+002 (Рис.2)
• logo3 с E-value = 6.1e+002 (Рис.3)

Только первый мотив проходит порог значимости, поэтому было решено продолжить работу с ним. Остальные мотивы имеют большое E-value и слишком маленькую длину.

Запуск FIMO

Был произведен запуск FIMO для положительного и отрицательного контроля

fimo -thresh 0.001 meme.txt Test.fasta

fimo -thresh 0.001 meme.txt Negative.fasta

В положительном контроле нашлось 130 находок в 148 последовательностях. Можно сделать вывод, что ложных находок присутствует мало.
В отрицательном контроле нашлось 40 мотивов в 33 последовательностях.