Задание1

Из БД Pfam был выбран домен PF05187, его выравнивание seed содержит 38 последовательностей. По ссылке можно скачать это выравнивание.
При пороге Identity Treshold, равном 100%, нашлось несколько консервативных мотивов, я выбрала один из них(Рис.1). Был cостававлен паттерн, описывающий этот мотив: CPA.VY.
(в выравнивании по нему нашлось 38 последовательностей). Поиск по этому мотиву в базе данных SwissProt на сайте MyHits выдал 31 находку, при чем все они из они семейства.

Результаты выполнения задания также можно увидеть в файле.

Задание 2

В Jalview было построено филогенетическое дерево методом NJ(Рис.2). Была выбрана клада (на рисунке обозначена голубым цветом), ее выравнивание было перенесено в отдельное окно. Был найден консервативный мотив в этой кладе( его паттерн: Y.{2}PE.RYCPAGVYEIV), во всем выравнивание он встречается 3 раза(как раз таки вся эта выбранная клада). Следовательно, данный мотив встречается лишь в рамках выбранной группы, что говорит о его специфичности для выбранной клады.

Задание 3

Был выбран белок Q7VDL2. Он находится бактерии Prochlorococcus marinus и является ингибитором клеточного деления.

Таб.1 Таблица итераций PSI-BLAST.

Идентификатор белка	Q7VDL2
Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	146	Q9AG20.1	0.005	A8GFG7.1	0.005
2	188	B6JKX0.1	7e-08	-	-
3	188	Q9ZM51.1	2,00E-12	A7H8E6.1	0.014

После третьей итерации число находок, проходящее порог в 0.005 E-VALUE, перестало меняться.Это говорит о высоком сходстве белков выбранного семейства.

Задание 4

Для выполнения задания был выбран геном бактерии Staphylococcus hominis(strain FDAARGOS_575), ее хромосома с локусом CP033732 и длиной 2220494 нуклеотидов. Ожидаемое число TA в геноме равно 259333.14866736863. Реальное число TA в геноме равно 224913. P-value 0.101, это скорее всего является статистичеси занчимым